Was hat Sie zu dieser Wish List-Anfrage inspiriert?
Derzeit ist dies nicht möglich, und wir verlangen von Kunden, dass sie mit Daten beginnen, die mit Methoden außerhalb der Transformationsliste von JMP/JMP Pros normalisiert wurden. Dies funktioniert, bedeutet aber, dass vor der Verwendung in JMP/JMP Pro ein anderes Tool außerhalb von JMP verwendet werden muss.
Bitte beschreiben Sie die neue oder verbesserte Funktion oder Lösung, die Sie sehen möchten.
Diese Referenz fasst das Problem zusammen:
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-019-1874-1
WIR können log2(x+1)-Transformationen für Spalten durchführen, was eine akzeptable Alternative zu sein scheint, aber seine eigenen Probleme mit Zähldaten hat, die ebenfalls sehr spärlich sind.
Das Hinzufügen einiger Additionsmethoden (VST und/oder Dispersion) für Single Cell RNA-seq-Daten wird bei einigen dieser Probleme helfen.
Welchen Wert hätte es für Sie und/oder andere Benutzer, wenn diese neue Funktion bereitgestellt wird?
Machen Sie mehr innerhalb von JMP, anstatt zuerst andere Tools verwenden zu müssen, was einen Kunden dazu verleiten könnte, in diesem Tool zu bleiben, anstatt zu JMP/JMP Pro zu wechseln
Handelt es sich um eine externe Kundenanfrage?
Ja, Ionis Pharmaceutical
Gibt es ein konkurrierendes Softwarepaket mit dieser Funktion oder Lösung, die wir kennen sollten?
R/Bioconductor ist die Hauptquelle des Wettbewerbs.
Wird sich dies auf eine Verlängerung, Erweiterung oder Einführung bei einem Kunden auswirken, und gefährdet dies ein Konto, wenn wir uns nicht darum kümmern?
Der Kunde evaluiert JMP Pro für diese Art von Daten. Derzeit können sie normalisierte Daten erhalten, was für diesen Kunden möglicherweise nur geringe Auswirkungen hat, aber die Möglichkeit, JMP Pro zu starten und in JMP Pro zu bleiben, könnte sie beeinflussen. Bleibt abzuwarten, was mit der Auswertung passiert.
Wird in JMP Pro 19 geliefert
