Paul Fogel, Consultor, Paul Fogel Consultor
Orson Jay, pasante, Sanofi
Galina Boldina, científica principal de datos, Sanofi
Franck Augé, director sénior, ciencias de datos ómicos, Sanofi
Las matrices son tensores de segundo orden. En algunas aplicaciones, los datos de entrada son tensores de tercer orden o de orden superior. Por ejemplo, los datos de expresión génica de diferentes tipos de células que se encuentran en un solo donante forman un tensor de segundo orden de la forma {tipo de célula × gen}, mientras que la colección de tipos de células similares en diferentes donantes da como resultado un tensor de tercer orden de la forma forma {tipo de célula × gen × donante}. Presentamos dos complementos de JMP, el primero de los cuales realiza un análisis de datos multidireccional de un tensor de tercer orden mediante factorización de tensor no negativa. El segundo complemento permite la visualización de los principales patrones de expresión que se encuentran en el tensor en forma de mapas de calor paralelos. Usando un conjunto de datos de transcriptoma público, mostramos cómo estas herramientas permiten el descubrimiento y la visualización de tres grupos de tipos de células, genes y donantes que comparten patrones transcriptómicos similares, lo que da como resultado firmas de tipos de células que se pueden usar para desconvolucionar mezclas masivas de diferentes células. tipos También mostramos que el paquete de Python utilizado para realizar los cálculos principales se puede integrar sin problemas en los scripts JSL.
