Paul Fogel, Consulente, Paul Fogel Consulente
Orson Jay, stagista, Sanofi
Galina Boldina, Principal Data Scientist, Sanofi
Franck Augé, Senior Director, Omics Data Sciences, Sanofi
Le matrici sono tensori del secondo ordine. In alcune applicazioni, i dati di input sono tensori di ordine terzo o superiore. Ad esempio, i dati di espressione genica di diversi tipi di cellule trovati in un singolo donatore formano un tensore di secondo ordine della forma {tipo di cellula × gene}, mentre la raccolta di tipi di cellule simili su diversi donatori risulta in un tensore di terzo ordine della forma {tipo cellulare × gene × donatore}. Presentiamo due componenti aggiuntivi di JMP, il primo dei quali esegue l'analisi dei dati a più vie di un tensore di terzo ordine utilizzando la fattorizzazione tensoriale non negativa. Il secondo componente aggiuntivo consente la visualizzazione dei principali modelli di espressione trovati nel tensore sotto forma di mappe di calore parallele. Utilizzando un set di dati del trascrittoma pubblico, mostriamo come questi strumenti consentano la scoperta e la visualizzazione di tri-cluster di tipi di cellule, geni e donatori che condividono modelli trascrittomici simili, risultando in firme di tipo cellulare che possono essere utilizzate per deconvolure miscele di cellule diverse tipi. Mostriamo anche che il pacchetto Python utilizzato per eseguire i calcoli di base può essere integrato senza problemi negli script JSL.
