Paul Fogel, Berater, Paul Fogel Berater
Orson Jay, Praktikant, Sanofi
Galina Boldina, Leitende Datenwissenschaftlerin, Sanofi
Franck Augé, Senior Director, Omics Data Sciences, Sanofi
Matrizen sind Tensoren zweiter Ordnung. In einigen Anwendungen sind die Eingabedaten Tensoren dritter oder höherer Ordnung. Beispielsweise bilden Genexpressionsdaten von verschiedenen Zelltypen, die bei einem einzelnen Spender gefunden werden, einen Tensor zweiter Ordnung der Form {Zelltyp × Gen}, während die Sammlung ähnlicher Zelltypen bei verschiedenen Spendern zu einem Tensor dritter Ordnung von führt Form {Zelltyp × Gen × Spender}. Wir stellen zwei JMP-Add-Ins vor, von denen das erste eine Mehrwege-Datenanalyse eines Tensors dritter Ordnung unter Verwendung einer nicht-negativen Tensorfaktorisierung durchführt. Das zweite Add-in ermöglicht die Visualisierung der wichtigsten im Tensor gefundenen Expressionsmuster in Form von parallelen Heatmaps. Anhand eines öffentlichen Transkriptom-Datensatzes zeigen wir, wie diese Tools die Entdeckung und Visualisierung von Tri-Clustern von Zelltypen, Genen und Spendern ermöglichen, die ähnliche Transkriptommuster aufweisen, was zu Zelltypsignaturen führt, die zur Entfaltung von Massenmischungen verschiedener Zellen verwendet werden können Typen. Wir zeigen auch, dass das zur Durchführung der Kernberechnungen verwendete Python-Paket nahtlos in JSL-Skripte integriert werden kann.
