Paul Fogel, Consultant, Paul Fogel Consultant
Orson Jay, stagiaire, Sanofi
Galina Boldina, scientifique principale des données, Sanofi
Franck Augé, directeur principal, Omics Data Sciences, Sanofi
Les matrices sont des tenseurs du second ordre. Dans certaines applications, les données d'entrée sont des tenseurs d'ordre 3 ou supérieur. Par exemple, les données d'expression génique de différents types de cellules trouvées chez un même donneur forment un tenseur de second ordre de la forme {type de cellule × gène}, tandis que la collecte de types de cellules similaires sur différents donneurs aboutit à un tenseur de troisième ordre du forme {type de cellule × gène × donneur}. Nous présentons deux compléments JMP, dont le premier effectue une analyse de données multivoie d'un tenseur de troisième ordre à l'aide d'une factorisation de tenseur non négatif. Le deuxième complément permet de visualiser les principaux modèles d'expression trouvés dans le tenseur sous la forme de cartes thermiques parallèles. À l'aide d'un ensemble de données de transcriptome public, nous montrons comment ces outils permettent la découverte et la visualisation de tri-clusters de types de cellules, de gènes et de donneurs qui partagent des modèles transcriptomiques similaires, résultant en des signatures de type cellulaire qui peuvent être utilisées pour déconvoluer des mélanges en vrac de différentes cellules. les types. Nous montrons également que le package Python utilisé pour effectuer les calculs de base peut être intégré de manière transparente dans les scripts JSL.
