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Integrazione R, problema con R Submit File

Ciao,

 

Questo script JSL viene eseguito senza problemi (sto usando JMP 16.0.0 (512257) in Windows 10 Pro 64 bit) e genera l'output png previsto da ggplot in JMP:

LoadExprs = Expr(
 InitR = Expr(
  R Init();
  
  R Submit( "
   library(dplyr)
   library(ggplot2)
   library(palmerpenguins)
  " );
 );
 
 MakePlot = Expr(
  R Submit(
   Eval Insert(
    "\[
    ggplot(data = penguins, aes(x = bill_length_mm, y = flipper_length_mm, colour = species)) +
    geom_point() +
    facet_wrap(. ~ island, nrow = 3)
   ]\
   "
   );
  );
  
 );
 
 CapturePlot = Expr(
  JMP_plot = R Get Graphics( png );
  New Window( "Imported Plot", Picture Box( JMP_Plot ) );
 );
 
 RunClose = Expr(
  R Term(); //Close r connection
 );
);
LoadExprs;
InitR;
MakePlot;
CapturePlot;
RunClose;

Se provo a chiamare direttamente lo script R, con lo stesso identico codice R, fallisce con il messaggio di errore "Get data for ''png" failed".

Ecco lo script JSL:

LoadExprs = Expr(
 InitR = Expr(
  R Init();
 );

 RunR = Expr(
  R Submit File( "C:\Users\xxx\R_projects\JMP\R_JPM_integration_1.R" );
 );
 
 CapturePlot = Expr(
  JMP_plot = R Get Graphics( png );
  New Window( "Imported Plot", Picture Box( JMP_Plot ) );
 );
  
 RunClose = Expr(
  R Term(); //Close r connection
 );
);
LoadExprs;
InitR;
RunR;
CapturePlot;
RunClose;

Anche questo script JSL semplificato, il mio primo tentativo, fallisce con lo stesso codice di errore:

R Init();
R Submit File( "C:\Users\xxx\R_projects\JMP\R_JPM_integration_1.R" );
R Get Graphics( png );
R Term();

Ed ecco il semplice script R che uso per questo test:

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(palmerpenguins)

ggplot(data = penguins, aes(x = bill_length_mm, y = flipper_length_mm, colour = species)) +
  geom_point() +
  facet_wrap(. ~ island, nrow = 3)

Che è identico al codice R nel primo script.

C'è un problema con la chiamata R Submit File? Cosa mi manca?

Preferirei usare R Invia file in quanto consente di risparmiare lavoro di digitazione.

ScriptingfinestreRe: Integrazione R, problema con R Submit File

Ho eseguito il tuo codice in 16.2 e 17.0 in esecuzione su Windows 10 a 64 bit e ho ottenuto il "Ottieni dati per ''png" non riuscito". durante l'esecuzione in JMP.

Re: Integrazione R, problema con R Submit File

Penso che quando si utilizza R Submit File la trama non viene scritta sulla console (potrei sbagliarmi, non ho scavato abbastanza per esserne sicuro).Ho risolto questo problema leggendo il file R come testo in JMP e quindi inviandolo utilizzando R Submit.

Re: Integrazione R, problema con R Submit File

Ho trovato una soluzione alternativa forzando R ad aprire una finestra grafica e tracciare esplicitamente il grafico in quella finestra:

 

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(palmerpenguins)

windows(800,600)
p <- ggplot(data = penguins, aes(x = bill_length_mm, y = flipper_length_mm, colour = species)) +
  geom_point() +
  facet_wrap(. ~ island, nrow = 3)
plot(p)

Ora devo preoccuparmi delle dimensioni della trama, ma è accettabile. Ecco uno screenshot dello script con la finestra grafica di JMP:

 

 

Re: Integrazione R, problema con R Submit File

Grazie!

Infatti, Invia funziona bene, vedi il codice qui sotto.

Tuttavia, vorrei determinare come fare R Invia file funziona in quanto impedisce di dover copiare script R (possibilmente di grandi dimensioni).

La tua valutazione del perché R Invia file non funziona sembra plausibile ma richiederebbe la conferma da parte di un esperto SAS/JMP.

LoadExprs = Expr(
 InitR = Expr(
  R Init();
 );

 RunR = Expr(
  R Submit ( "
     library(dplyr)
     library(ggplot2)
     library(palmerpenguins)

     ggplot(data = penguins, aes(x = bill_length_mm, y = flipper_length_mm, colour = species)) +
     geom_point() +
     facet_wrap(. ~ island, nrow = 3)
  " );
 );
 
 CapturePlot = Expr(
  JMP_plot = R Get Graphics( png );
  New Window( "Imported Plot", Picture Box( JMP_Plot ) );
 );
  
 RunClose = Expr(
  R Term(); //Close r connection
 );
);
LoadExprs;
InitR;
RunR;
CapturePlot;
RunClose;

 

Re: Integrazione R, problema con R Submit File

E non ho bisogno del finestre() chiamata di funzione neanche. Semplicemente tracciando esplicitamente chiamando il metodo complotto funzione è sufficiente!

Ho scoperto che il messaggio di errore JMP ( "Recupero dati per "png" non riuscito" ) scompare una volta che uso il finestre chiamata di funzione in R. Finisco solo con una finestra vuota poiché nulla è esplicitamente tracciato su di essa.

Il codice seguente funziona correttamente in combinazione con l'uso di JSL scipt R Invia File .

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(palmerpenguins)

p <- ggplot(data = penguins, aes(x = bill_length_mm, y = flipper_length_mm, colour = species)) +
  geom_point() +
  facet_wrap(. ~ island, nrow = 3)
plot(p)