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Intégration R, problème avec R Submit File

Salut,

 

Ce script JSL s'exécute sans aucun problème (j'utilise JMP 16.0.0 (512257) sous Windows 10 Pro 64 bits) et génère la sortie png attendue à partir de ggplot dans JMP :

LoadExprs = Expr(
 InitR = Expr(
  R Init();
  
  R Submit( "
   library(dplyr)
   library(ggplot2)
   library(palmerpenguins)
  " );
 );
 
 MakePlot = Expr(
  R Submit(
   Eval Insert(
    "\[
    ggplot(data = penguins, aes(x = bill_length_mm, y = flipper_length_mm, colour = species)) +
    geom_point() +
    facet_wrap(. ~ island, nrow = 3)
   ]\
   "
   );
  );
  
 );
 
 CapturePlot = Expr(
  JMP_plot = R Get Graphics( png );
  New Window( "Imported Plot", Picture Box( JMP_Plot ) );
 );
 
 RunClose = Expr(
  R Term(); //Close r connection
 );
);
LoadExprs;
InitR;
MakePlot;
CapturePlot;
RunClose;

Si j'essaie d'appeler le script R directement, avec exactement le même code R, il échoue avec le message d'erreur "Echec de l'obtention des données pour ''png''".

Voici le script JSL :

LoadExprs = Expr(
 InitR = Expr(
  R Init();
 );

 RunR = Expr(
  R Submit File( "C:\Users\xxx\R_projects\JMP\R_JPM_integration_1.R" );
 );
 
 CapturePlot = Expr(
  JMP_plot = R Get Graphics( png );
  New Window( "Imported Plot", Picture Box( JMP_Plot ) );
 );
  
 RunClose = Expr(
  R Term(); //Close r connection
 );
);
LoadExprs;
InitR;
RunR;
CapturePlot;
RunClose;

Ce script JSL simplifié, ma première tentative, échoue également avec le même code d'erreur :

R Init();
R Submit File( "C:\Users\xxx\R_projects\JMP\R_JPM_integration_1.R" );
R Get Graphics( png );
R Term();

Et voici le simple R-script que j'utilise pour ce test :

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(palmerpenguins)

ggplot(data = penguins, aes(x = bill_length_mm, y = flipper_length_mm, colour = species)) +
  geom_point() +
  facet_wrap(. ~ island, nrow = 3)

Qui est identique au code R du premier script.

Y a-t-il un problème avec l'appel R Submit File ? Qu'est-ce que je rate?

je préférerais utiliser R Soumettre le fichier car cela évite le travail de frappe.

Scriptles fenêtresRe : intégration R, problème avec R Submit File

J'ai exécuté votre code sous 16.2 et 17.0 sous Windows 10 64 bits et j'ai obtenu le "L'obtention des données pour ''png" a échoué". lors de l'exécution sous JMP.

Re : intégration R, problème avec R Submit File

Je pense que lors de l'utilisation de R Submit File, l'intrigue n'est pas écrite sur la console (je peux me tromper, je n'ai pas assez creusé pour être sûr).J'ai contourné ce problème en lisant le fichier R sous forme de texte dans JMP, puis en le soumettant à l'aide de R Submit.

Re : intégration R, problème avec R Submit File

Merci!

En effet, Soumettre fonctionne très bien, voir le code ci-dessous.

Pourtant, je voudrais déterminer comment faire R Soumettre le fichier fonctionne car cela évite d'avoir à copier des scripts R (éventuellement volumineux).

Votre évaluation du pourquoi R Soumettre le fichier ne fonctionne pas semble plausible mais nécessiterait la confirmation d'un expert SAS/JMP.

LoadExprs = Expr(
 InitR = Expr(
  R Init();
 );

 RunR = Expr(
  R Submit ( "
     library(dplyr)
     library(ggplot2)
     library(palmerpenguins)

     ggplot(data = penguins, aes(x = bill_length_mm, y = flipper_length_mm, colour = species)) +
     geom_point() +
     facet_wrap(. ~ island, nrow = 3)
  " );
 );
 
 CapturePlot = Expr(
  JMP_plot = R Get Graphics( png );
  New Window( "Imported Plot", Picture Box( JMP_Plot ) );
 );
  
 RunClose = Expr(
  R Term(); //Close r connection
 );
);
LoadExprs;
InitR;
RunR;
CapturePlot;
RunClose;

 

Re : intégration R, problème avec R Submit File

J'ai trouvé une solution de contournement en forçant R à ouvrir une fenêtre graphique et à tracer explicitement le graphique dans cette fenêtre :

 

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(palmerpenguins)

windows(800,600)
p <- ggplot(data = penguins, aes(x = bill_length_mm, y = flipper_length_mm, colour = species)) +
  geom_point() +
  facet_wrap(. ~ island, nrow = 3)
plot(p)

Je dois maintenant m'inquiéter de la taille de la parcelle, mais c'est acceptable. Voici une capture d'écran du script avec la fenêtre graphique JMP :

 

 

Re : intégration R, problème avec R Submit File

Et je n'ai pas besoin de les fenêtres() appel de fonction non plus. Il suffit de tracer explicitement en appelant le terrain la fonction est suffisante !

J'ai trouvé que le message d'erreur JMP ( "L'obtention des données pour "png" a échoué" ) disparaît une fois que j'utilise le les fenêtres appel de fonction dans R. Je me retrouve juste avec une fenêtre vide car rien n'y est explicitement tracé.

Le code ci-dessous fonctionne bien en conjonction avec le scipt JSL en utilisant R soumettre le fichier .

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(palmerpenguins)

p <- ggplot(data = penguins, aes(x = bill_length_mm, y = flipper_length_mm, colour = species)) +
  geom_point() +
  facet_wrap(. ~ island, nrow = 3)
plot(p)