量的特性データに対するランクベースの逆正規変換 (INT)この JMP アドインは、ゲノムワイド関連研究 (GWAS) で典型的に分析される非正規量的形質データを変換するためのものです。実装されている方法は、ランクベースの逆正規変換 (INT) です。
変換する特性を選択し、[OK] をクリックして新しい変換された列を作成するためのシンプルなインターフェイスが作成されます (下のスクリーンショットを参照)。
出力は 2 セットの列です: 1) 接尾辞として _INT。これらは変換された特性値です。2) 接尾辞として _p。これらは変換された列の確率値です。
INT とそのさまざまな形式について説明した論文があります。この論文はガイダンスを提供するためにも使用できます。
McCaw ZR、Lane JM、Saxena R、Redline S、Lin X。ゲノムワイド関連研究における量的形質分析のためのランクベース逆正規変換の動作特性。バイオメトリクス。020;76:1262–1272。
https://doi.org/10.1111/biom.13214
興味があれば、追加のメソッドを組み込み、これらのメソッドを選択できるようにウィンドウを更新できます。
更新: アドインのバージョン 2 には以下が含まれています:
- 確率を含めるか含めないかのオプションを追加しました
- 同点の場合に任意または平均を選択するオプションを追加しました。同点方法を選択すると、どの方法が使用されたかを示すメモがデータ テーブルに書き込まれます。
このアドインは、JMP/JMP Pro 17およびJMP/JMP Pro 18で作成され、テストされています。
ライフサイエンスユーティリティRe: 量的形質データの逆正規変換 (INT)JMPでこの分析を行うには助けが必要でしたが、クリスとディ、そしておそらく他の人たちは、これを成し遂げるのに非常に反応が良かったです.
アナベル・ロドリゲス・オケンド、MD
UConn Health、ファーミントン CT
Re: 量的形質データの逆正規変換 (INT)便利なアドインをありがとうございます。 2 つの質問があります。
1. このアドインを使用してデータを変換すると、データセットに 2 つの列が追加されます。 変数名の末尾に「_INT」が付いているものと、「_p」が付いているものがあります。 _p で終わる 2 番目のものは何ですか?
2. あなたが引用した論文 (McCaw et al., 2020) では、逆正規変換の 2 つの方法が導入されています。直接 (D) と間接 (I) を組み合わせて、オムニバス テスト (O) にします。 トランスフォーメーションの詳細なガイダンスについて、論文を参照しただけだと思います。 ただし、列がこれら 3 つのテストのいずれかに関連している場合は、アドインで使用されているものを明確にしていただければ幸いです。
ソヘイル・シャプーリ
ジョージア大学
Re: 量的形質データの逆正規変換 (INT)こんにちは@SoheilShapouri 、
_INT 列は変換された列、_p 列は確率値です。
はい、この文書はアドインとガイダンスの理由についての参考資料でした。実装されたのは、論文の項目 1.であるランクベースの逆正規変換です。
より明確になるように説明を更新します。ご質問やコメントありがとうございます
最高、
