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Trasformazione normale inversa (INT) basata sul rango per i dati sui tratti quantitativi

Questo componente aggiuntivo JMP serve a trasformare i dati sui tratti quantitativi non normali generalmente analizzati nei Genome Wide Association Studies (GWAS). Il metodo implementato è la trasformazione normale inversa basata sui ranghi (INT).

Viene creata una semplice interfaccia per scegliere i tratti da trasformare e quindi fare clic su OK per creare nuove colonne trasformate (vedere la schermata seguente).

 

L'output è costituito da due serie di colonne: 1) _INT come suffisso. Questi sono i valori dei tratti trasformati 2) _p come suffisso. Questi sono i valori di probabilità delle colonne trasformate.

C'è un documento che discute di INT e delle sue diverse forme. Può anche essere utilizzato per fornire indicazioni.

McCaw ZR, Lane JM, Saxena R, Redline S, Lin X. Caratteristiche operative della trasformazione normale inversa basata sui ranghi per l'analisi quantitativa dei tratti negli studi di associazione sull'intero genoma. Biometrica. 020;76:1262–1272.

https://doi.org/10.1111/biom.13214

Se vi è interesse, è possibile incorporare metodi aggiuntivi e la finestra può essere aggiornata per consentire la scelta di questi metodi.

AGGIORNAMENTO: ora la versione 2 del componente aggiuntivo include quanto segue:

1. Aggiunta l'opzione per includere o non includere le probabilità
2. Aggiunta un'opzione per scegliere tra Arbitrario o Medio in caso di pareggio. Il metodo di pareggio scelto scriverà una nota nella tabella dati su quale metodo è stato utilizzato.

Questo componente aggiuntivo è stato creato e testato su JMP/JMP Pro 17 e JMP/JMP Pro 18

Scienze di vitaUtilitàRi: Trasformazione normale inversa (INT) per i dati di carattere quantitativo

Avevo bisogno di aiuto per fare questa analisi in JMP e Chris e Di, e forse altri, sono stati super reattivi nel portare a termine questo lavoro.

Annabelle Rodriguez-Oquendo, MD

UConn Salute, Farmington CT

Ri: Trasformazione normale inversa (INT) per i dati di carattere quantitativo

Grazie per un componente aggiuntivo così utile. Ho due domande:

1. quando ho utilizzato questo componente aggiuntivo per trasformare i dati, aggiunge due colonne al set di dati. Uno con "_INT" alla fine del nome della variabile e un altro con "_p". Qual è il secondo che termina con _p?

2. L'articolo che hai citato (McCaw et al., 2020) introduce due metodi per la trasformazione normale inversa; diretto (D) e indiretto (I) e poi combinarli in un test omnibus (O). Presumo che tu abbia fatto riferimento al documento solo per ulteriori indicazioni per la trasformazione. Ma nel caso in cui la colonna sia in qualche modo correlata a uno di questi tre test, apprezzo se puoi chiarire quale di essi è utilizzato nel componente aggiuntivo.

Soheil Shapouri,

Università della Georgia

 

Ri: Trasformazione normale inversa (INT) per dati sui tratti quantitativi

Ciao @SoheilShapouri ,

Le colonne _INT sono le colonne trasformate, le colonne _p sono i valori di probabilità.

Sì, il documento era più un riferimento per quanto riguarda il ragionamento per il componente aggiuntivo e la guida. Ciò che è stato implementato è stato il punto 1 del documento, la trasformazione normale inversa basata sul rango.

Aggiornerò la descrizione per essere più chiara. Grazie per le vostre domande e commenti

Migliore,