Rank Based Inverse Normal Transformation (INT) for Quantitative Trait DataThis JMP Add-in is to transform non-normal quantitative trait data typically analyzed in Genome Wide Association Studies (GWAS). The method implemented is rank-based inverse normal transformation (INT).
A simple interface is create to choose the traits to be transformed and then clicking OK to create new transformed columns (see screen shot below).
The output is two sets of columns: 1) _INT as a suffix. These are the transformed trait values 2) _p as a suffix. These are the probability values of the transformed columns.
There is a paper that discusses INT and its different forms. It also can be used to provide guidance.
McCaw ZR, Lane JM, Saxena R, Redline S, Lin X. Operating characteristics of the rank-based inverse normal transformation for quantitative trait analysis in genome-wide association studies. Biometrics. 020;76:1262–1272.
https://doi.org/10.1111/biom.13214
If there is interest, additional methods could be incorporated and the window can be updated to allow choosing these methods.
UPDATE: Now version 2 of the add-in includes the below:
- Added option to include or not include probabilities
- Added an option to choose between Arbitrary or Average when there is a tie. Tie method chosen will write a note to the data table as to which method was used.
This add-in was created on, for and tested in JMP/JMP Pro 17 and JMP/JMP Pro 18
Life SciencesUtilitiesBetreff: Inverse Normaltransformation (INT) für quantitative MerkmalsdatenVielen Dank für dieses nützliche Add-In. Ich habe zwei Fragen:
1. Wenn ich dieses Add-In zum Transformieren der Daten verwendet habe, werden dem Datensatz zwei Spalten hinzugefügt. Eines mit „_INT“ am Ende des Variablennamens und eines mit „_p“. Was ist das zweite, das mit _p endet?
2. Das von Ihnen zitierte Papier (McCaw et al., 2020) stellt zwei Methoden zur inversen Normaltransformation vor; direkt (D) und indirekt (I) und kombinieren diese dann zu einem Sammeltest (O). Ich gehe davon aus, dass Sie sich nur auf das Papier bezogen haben, um weitere Hinweise zur Transformation zu erhalten. Falls die Spalte jedoch irgendwie mit einem dieser drei Tests zusammenhängt, würde ich mich freuen, wenn Sie klären könnten, welcher davon im Add-In verwendet wird.
Soheil Shapouri,
Universität von Georgia
Betreff: Inverse Normaltransformation (INT) für quantitative MerkmalsdatenIch brauchte Hilfe bei der Durchführung dieser Analyse in JMP, und Chris und Di und vielleicht auch andere haben bei der Umsetzung super reagiert.
Annabelle Rodriguez-Oquendo, MD
UConn Health, Farmington CT
Betreff: Inverse Normaltransformation (INT) für quantitative MerkmalsdatenHallo @SoheilShapouri ,
_INT-Spalten sind die transformierten Spalten, _p-Spalten sind die Wahrscheinlichkeitswerte.
Ja, das Papier diente eher als Referenz hinsichtlich der Begründung des Add-Ins und der Anleitung. Was implementiert wurde, war Punkt 1 in der Arbeit, die rangbasierte inverse Normaltransformation.
Ich werde die Beschreibung aktualisieren, um sie klarer zu machen. Vielen Dank für Ihre Fragen und Kommentare
Am besten,
