Transformation normale inverse (INT) basée sur le classement pour les données quantitatives sur les traitsCe complément JMP sert à transformer les données sur les traits quantitatifs non normaux généralement analysées dans les études d'association à l'échelle du génome (GWAS). La méthode implémentée est la transformation normale inverse (INT) basée sur le rang .
Une interface simple est créée pour choisir les traits à transformer puis en cliquant sur OK pour créer de nouvelles colonnes transformées (voir capture d'écran ci-dessous).
La sortie est constituée de deux ensembles de colonnes : 1) _INT comme suffixe. Ce sont les valeurs de trait transformées 2) _p comme suffixe. Ce sont les valeurs de probabilité des colonnes transformées.
Il existe un article qui traite de l'INT et de ses différentes formes. Il peut également être utilisé pour fournir des conseils.
McCaw ZR, Lane JM, Saxena R, Redline S, Lin X. Caractéristiques opérationnelles de la transformation normale inverse basée sur le rang pour l'analyse quantitative des traits dans les études d'association à l'échelle du génome. Biométrie. 020 ;76 : 1262-1272.
https://doi.org/10.1111/biom.13214
S'il y a un intérêt, des méthodes supplémentaires pourraient être incorporées et la fenêtre peut être mise à jour pour permettre le choix de ces méthodes.
MISE À JOUR : La version 2 du complément inclut désormais les éléments ci-dessous :
- Option ajoutée pour inclure ou non les probabilités
- Ajout d'une option permettant de choisir entre Arbitraire ou Moyen en cas d'égalité. La méthode de liaison choisie écrira une note dans le tableau de données indiquant la méthode qui a été utilisée.
Ce complément a été créé et testé dans JMP/JMP Pro 17 et JMP/JMP Pro 18.
Sciences de la vieUtilitairesObjet : Transformation normale inverse (INT) pour les données quantitatives sur les traitsMerci pour ce complément si utile. J'ai deux questions:
1. Lorsque j'ai utilisé ce complément pour transformer les données, il ajoute deux colonnes à l'ensemble de données. Un avec "_INT" à la fin du nom de la variable et un autre avec "_p". Quel est le deuxième qui se termine par _p ?
2. L'article que vous avez cité (McCaw et al., 2020) introduit deux méthodes de transformation normale inverse ; direct (D) et indirect (I), puis combinez-les en un test omnibus (O). Je suppose que vous avez uniquement fait référence au document pour plus de conseils sur la transformation. Mais si la colonne est liée d'une manière ou d'une autre à l'un de ces trois tests, j'apprécierais que vous puissiez préciser lequel d'entre eux est utilisé dans le complément.
Soheil Shapouri,
Université de Géorgie
Objet : Transformation normale inverse (INT) pour les données quantitatives sur les traitsJ'avais besoin d'aide pour faire cette analyse dans JMP et Chris et Di, et peut-être d'autres, ont été très réactifs pour y parvenir.
Annabelle Rodriguez-Oquendo, MD
UConn Health, Farmington CT
Objet : Transformation normale inverse (INT) pour les données quantitatives sur les traitsSalut @SoheilShapouri ,
Les colonnes _INT sont les colonnes transformées, les colonnes _p sont les valeurs de probabilité.
Oui, le document était davantage destiné à servir de référence quant au raisonnement du complément et aux conseils. Ce qui a été mis en œuvre était l'élément 1. du document, la transformation normale inverse basée sur le rang.
Je mettrai à jour la description pour être plus claire. Merci pour vos questions et commentaires
Meilleur,
