Diese Fallstudie konzentriert sich auf die Verwendung von JMP Pro 17 für die Analyse von Omic-Daten, insbesondere von markergestützten Zucht-/genomischen Selektionsdaten. Es befasst sich hauptsächlich mit der Erforschung von Markern und Merkmalen von Loblolly Pine Trees und fügt eine Vorhersagemodellierung hinzu, um dann Nachkommen/Nachkommen zu simulieren, um zu sehen, welche Kreuzungen/Paarungen zwischen Eltern wahrscheinlich die besten gewünschten Merkmale ergeben.Diese Art der Analyse ist typisch für Züchter und statistische Genetiker von Zuchtprogrammen in der Landwirtschaft (Pflanzen- und Tierwissenschaften).
Diese Fallstudie kann verwendet werden, um Kunden von SEs Demos für diejenigen zu geben, die an der Analyse von Omic-Daten im Bereich der klinischen Forschung interessiert sind. Es ist so konzipiert, dass Sie nur die Funktionen zeigen können, die vom Kunden angefordert werden (verwenden Sie die Great Demo!-Methode), aber auch im Kontext des gesamten Analyse-Workflows zur Analyse dieser Art von Daten. Wenn Sie versuchen, alle Funktionen zu demonstrieren, dauert dies über eine Stunde, da viele Funktionen verwendet werden.
Das mitgelieferte Journal enthält Skriptschaltflächen, um die Analyse bei jedem Schritt durchzuführen. Es gibt auch Skriptschaltflächen, die auch einige Datenbearbeitungsaufgaben ausführen. Einige der Analysen können sehr lange dauern, also führen Sie sie am besten vorab aus, bevor Sie sie demonstrieren.
Das Venn-Diagramm-Add-In könnte ebenfalls verwendet werden.
Was ist verfügbar:
- Ein JMP-Journal mit einer Einführung in den Arbeitsablauf, die wissenschaftliche/Forschungsfrage und den verwendeten Datensatz
- JMP-Datentabelle
- Die Datensätze, damit Sie die JMP-Datentabelle erstellen können
- Artikel, auf den im Journal verwiesen wird
Warum ist das nützlich?
- JMP Genomics als Produkt wurde Anfang dieses Jahres eingestellt, daher benötigen wir Fallstudien, um zu zeigen, wie die Omic-Analyse in JMP Pro 17 durchgeführt wird
- Außerdem werden die Neuerungen in JMP/JMP Pro 17 für breite Daten hervorgehoben, insbesondere im Zusammenhang mit 'omic-Daten
- Es soll SEs außerdem dabei helfen, in gegebenen Demos selbstständiger zu werden und über Fähigkeiten im 'omic-Raum zu sprechen
- Die Datenanalyse in der 'omic-Welt kann skript-/workfloworientiert oder explorativer Natur sein. Diese Fallstudie konzentriert sich auf den eher explorativen Charakter der Datenanalyse und nicht auf die „automatisierte“ oder skriptbasierte Analyse. Man kann die Schritte mit den Workflow-Erstellungsfunktionen von JMP Pro 17 in einen Workflow umwandeln.
