Haga que el color del generador de gráficos obedezca la propiedad de la columna Color del valor, incluso cuando se elija el mismo color para varios valores. Cuando se usa la superposición, los colores son como están establecidos en las propiedades de la columna.
Names Default To Here(1);
dt = Open("$SAMPLE_DATA/Probe.jmp");
dt << Clear Row States;
Column(dt, "Site") << Set Property("Value Colors", {1 = 16, 2 = 16, 3 = 16, 4 = 16, 5 = 22});
gb_color = dt << Graph Builder(
Size(530, 459),
Show Control Panel(0),
Variables(X(:Start Time), Y(:DELW_PCOLL), Color(:Site)),
Elements(Points(X, Y, Legend(3)))
);
gb_overlay = dt << Graph Builder(
Size(530, 459),
Show Control Panel(0),
Variables(X(:Start Time), Y(:DELW_PCOLL), Overlay(:Site)),
Elements(Points(X, Y, Legend(3)))
);

Actualmente utilizo una solución en la que creo una nueva columna en la que agrupo las columnas y establezco colores de valor para esa columna. Funciona, pero es un paso adicional innecesario y evita que se seleccionen de forma interactiva diferentes valores en función de la leyenda.