在一個最近的文章，我們分享了 JMP Pro 17 擴展了分析基因組學常用數據類型的功能。 我們創造了一個全面的資源，使用 JMP Pro 進行基因組分析，以幫助您了解如何應用 JMP Pro 進行此類分析。@TomPedersen ，JMP 生命科學研發團隊的首席技術作家，是主要作者，分享了他開發這本新書的經驗。
寫這本新書的動機是什麼？
我們之前的 JMP Genomics 軟件的一大特色是提供各種導入引擎以及一系列專用分析工作流程。 這些功能使用戶能夠從許多專有格式的文件中導入數據，然後對其進行分析。 我們希望為用戶提供在 JMP Pro 中進行類似分析所需的知識。 在這裡，我們看到 JMP Pro 可以打開一個序列矩陣文件，解析其組織，並準備導入。
在撰寫本書時，您對 JMP Pro 有何發現？
JMP Pro 是快速的。 曾經在 JMP Genomics 中需要數小時才能完成的分析，現在在 JMP Pro 中只需幾分鐘。 JMP Genomics 依靠 SAS 軟件完成其“繁重的工作”。 在冗長的分析過程中，SAS 不會“記住”數據；相反，它會從磁盤讀取它，然後重複寫入。 您的分析取決於您的計算機讀取和寫入數據的速度。 另一方面，JMP Pro 將所有內容保存在內存中，因此分析速度要快得多。 此外，JMP Pro 功能強大。 在第 17 版中，JMP Pro 有了顯著改進，可以高效且有效地處理基因組學研究中通常存在的非常龐大和廣泛的數據集。以下是 JMP Pro 揭示數據中重要線索的兩個示例。 火山圖可以識別影響特定表型的遺傳變異。 致力於作物改良的植物育種者正在使用雜交的水稻植物在計算機中預測在該領域做出的最佳傳中。
您認為這本書將如何幫助我們的客戶？
這使用 JMP Pro 進行基因組分析本書旨在向用戶展示如何應用典型的基因組數據分析流程（見下圖）。 它首先向用戶展示如何導入數據，然後進行數據轉換、質量控制和規範化。 然後繼續進行遺傳標記分析，探索數據中的模式和結構，最後進行統計和預測建模。 這種方法使用戶能夠發現隱藏在其數據中的信息並做出重要的科學發現。 我們還包括一組真實的示例研究，並為用戶提供分析數據的分步指南。
