で最近の記事、JMP Pro 17 では、ゲノミクスで一般的に使用されるデータの種類を分析する機能が拡張されていることを共有しました。 包括的なリソースを作成しました。 JMP Proによるゲノム解析、この種の分析に JMP Pro を適用する方法を学習するのに役立ちます。@TomPedersen JMP ライフ サイエンス R&D チームのプリンシパル テクニカル ライターである が筆頭著者であり、この新しい本を開発した経験を共有しています。
この新しい本を書いた動機は何ですか？
以前の JMP Genomics ソフトウェアの優れた機能の 1 つは、一連の専用の分析ワークフローに加えて、さまざまなインポート エンジンが利用できることでした。 これらの機能により、ユーザーは多くの独自形式のファイルからデータをインポートして分析することができました。 JMP Proで同様の分析を行うために必要な知識をユーザーに提供したいと考えています。 ここでは、JMP Pro がシリーズ マトリックス ファイルを開き、その構成を解析して、インポートの準備ができることがわかります。
本の執筆中にJMP Proについて何を発見しましたか?
その JMP Pro は高速です。 JMP Genomics では数時間かかっていた解析が、JMP Pro では数分で完了します。 JMP Genomics は、その「重労働」を行うために SAS ソフトウェアに依存していました。 長い分析の間、SAS はデータを「記憶」しませんでした。代わりに、ディスクから読み取り、繰り返し書き込みます。 分析は、コンピューターがデータを読み書きできる速度に依存していました。 一方、JMP Pro はすべてをメモリに保持するため、分析ははるかに高速です。 さらに、JMP Pro はパワフルです。 バージョン 17 では、JMP Pro が大幅に改善され、ゲノミクス研究で通常見られる非常に大規模で幅広いデータセットを効率的かつ効果的に処理できるようになりました。データの重要な手がかりを明らかにする JMP Pro の 2 つの例を次に示します。 火山プロットは、特定の表現型に影響を与える遺伝的バリアントの識別を可能にします。 作物改良に取り組んでいる育種家は、交配されたイネを使用していますインシリコフィールドで行うのに最適なクロスを予測します。
この本がお客様にどのように役立つと思いますか?
のJMP Proによるゲノム解析この本は、典型的なゲノムデータ解析フローを適用する方法をユーザーに示すように構成されています (下の画像を参照)。 データをインポートする方法をユーザーに示すことから始まり、データ変換、品質管理、および正規化に進みます。 次に、遺伝子マーカー分析に進み、データのパターンと構造を調査し、最後に統計モデリングと予測モデリングに進みます。 このアプローチにより、ユーザーはデータに隠されている情報を明らかにし、重要な科学的発見を行うことができます。 また、一連の実際の研究例が含まれており、データの分析に関する段階的なガイドをユーザーに提供します。
