在一个最近的文章,我们分享了 JMP Pro 17 扩展了分析基因组学常用数据类型的功能。 我们创造了一个全面的资源,使用 JMP Pro 进行基因组分析,以帮助您了解如何应用 JMP Pro 进行此类分析。@TomPedersen ,JMP 生命科学研发团队的首席技术作家,是主要作者,分享了他开发这本新书的经验。
写这本新书的动机是什么?
我们之前的 JMP Genomics 软件的一大特色是提供各种导入引擎以及一系列专用分析工作流程。 这些功能使用户能够从许多专有格式的文件中导入数据,然后对其进行分析。 我们希望为用户提供在 JMP Pro 中进行类似分析所需的知识。 在这里,我们看到 JMP Pro 可以打开一个序列矩阵文件,解析其组织,并准备导入。 
在撰写本书时,您对 JMP Pro 有何发现?
JMP Pro 是快速的。 曾经在 JMP Genomics 中需要数小时才能完成的分析,现在在 JMP Pro 中只需几分钟。 JMP Genomics 依靠 SAS 软件完成其“繁重的工作”。 在冗长的分析过程中,SAS 不会“记住”数据;相反,它会从磁盘读取它,然后重复写入。 您的分析取决于您的计算机读取和写入数据的速度。 另一方面,JMP Pro 将所有内容保存在内存中,因此分析速度要快得多。 此外,JMP Pro 功能强大。 在第 17 版中,JMP Pro 有了显着改进,可以高效且有效地处理基因组学研究中通常存在的非常庞大和广泛的数据集。以下是 JMP Pro 揭示数据中重要线索的两个示例。 左侧的火山图可以识别影响特定表型的遗传变异。 右图,从事作物改良工作的植物育种者正在使用杂交水稻在计算机中预测在该领域做出的最佳传中。

您认为这本书将如何帮助我们的客户?
这使用 JMP Pro 进行基因组分析本书旨在向用户展示如何应用典型的基因组数据分析流程(见下图)。 它首先向用户展示如何导入数据,然后进行数据转换、质量控制和规范化。 然后继续进行遗传标记分析,探索数据中的模式和结构,最后进行统计和预测建模。 这种方法使用户能够发现隐藏在其数据中的信息并做出重要的科学发现。 我们还包括一组真实的示例研究,并为用户提供分析数据的分步指南。
