In einem letzten Artikel , teilten wir mit, dass JMP Pro 17 über erweiterte Funktionen zur Analyse der Datentypen verfügt, die üblicherweise für die Genomik verwendet werden. Wir haben eine umfassende Ressource erstellt, Genomanalyse mit JMP Pro , um Ihnen zu helfen, JMP Pro für diese Art von Analyse anzuwenden.@TomPedersen , Principal Technical Writer im JMP Life Sciences R&D Team, ist der Hauptautor und teilt seine Erfahrungen mit der Entwicklung dieses neuen Buches.
Was war die Motivation, dieses neue Buch zu schreiben?
Eines der großartigen Merkmale unserer früheren JMP Genomics-Software war die Verfügbarkeit verschiedener Import-Engines zusammen mit einer Reihe von dedizierten Analyse-Workflows. Diese Funktionen ermöglichten es Benutzern, ihre Daten aus vielen proprietär formatierten Dateien zu importieren und sie dann zu analysieren. Wir möchten Benutzern das Wissen vermitteln, das sie benötigen, um ähnliche Analysen in JMP Pro durchzuführen. Hier sehen wir, dass JMP Pro eine Serienmatrixdatei öffnen, ihre Organisation parsen und sie für den Import vorbereiten kann. 
Was haben Sie bei der Arbeit an dem Buch über JMP Pro herausgefunden?
Dieser JMP Pro ist SCHNELL. Analysen, die früher in JMP Genomics Stunden gedauert haben, dauern jetzt in JMP Pro nur noch Minuten. JMP Genomics verließ sich auf SAS-Software, um seine „schweren Aufgaben“ zu erledigen. Bei langwierigen Analysen „merkte“ sich SAS keine Daten; Stattdessen würde es es von der Festplatte lesen und dann wiederholt schreiben. Ihre Analyse hing davon ab, wie schnell Ihr Computer die Daten lesen und schreiben konnte. JMP Pro hingegen behält alles im Speicher, sodass die Analyse viel schneller ist. Darüber hinaus ist JMP Pro LEISTUNGSSTARK. Mit Version 17 wurde JMP Pro erheblich verbessert, um effizient und effektiv mit den sehr großen und breiten Datensätzen zu arbeiten, die typischerweise in Genomikstudien zu finden sind.Hier sind zwei Beispiele für JMP Pro, die wichtige Hinweise in Ihren Daten aufdecken. Die Vulkandiagramme links ermöglichen die Identifizierung genetischer Varianten, die bestimmte Phänotypen beeinflussen. Rechts verwenden Pflanzenzüchter, die an der Verbesserung der Ernte arbeiten, gekreuzte Reispflanzen in silico um die besten Kreuzungen im Feld vorherzusagen.
Wie wird dieses Buch Ihrer Meinung nach unseren Kunden helfen?
Das Genomanalyse mit JMP Pro Das Buch ist so organisiert, dass es dem Benutzer zeigt, wie er typische genomische Datenanalyseabläufe anwendet (siehe Abbildung unten). Es beginnt damit, den Benutzern zu zeigen, wie sie ihre Daten importieren, und fährt dann mit der Datentransformation, Qualitätskontrolle und Normalisierung fort. Anschließend geht es weiter zur Analyse genetischer Marker, der Untersuchung von Mustern und Strukturen in den Daten und schließlich zur statistischen und prädiktiven Modellierung. Dieser Ansatz ermöglicht es Benutzern, die in ihren Daten verborgenen Informationen aufzudecken und wichtige wissenschaftliche Entdeckungen zu machen. Wir fügen auch eine Reihe realer Beispielstudien hinzu und bieten Benutzern eine Schritt-für-Schritt-Anleitung zur Analyse der Daten.
