단일 피크 모양과 위치를 최적화하는 기능적 DOE안녕,
JMP Pro 사용자는 FDOE를 사용하여 세포 분석을 최적화하는 데 관심이 있습니다.
각 실행은 하나의 피크가 있는 신호 대 시간 곡선을 생성합니다. 곡선의 모양과 위치는 요인에 따라 달라집니다. 목표는 17시간에 급격한 피크를 달성하기 위한 요인 조건을 찾는 것입니다.
Possible cell assay curves (left) and optimal (right)Possible cell assay curves (left) and optimal (right)가능한 세포 분석 곡선(왼쪽) 및 최적(오른쪽)
나는 이것이 피크를 정렬하기 위해 DTW가 필요하고 FDE가 다른 곡선 모양을 모델링할 수 있어야 한다고 생각합니다. 그러나 최적화 방법을 찾기 위해 요인에 대한 DTW 변화를 모델링해야 합니다.
이와 같은 예를 본 사람이 있습니까?
감사해요,
필
Re: 단일 피크 모양과 위치를 최적화하는 기능적 DOE안녕 @샘가드너 ,
예, 크로마토그래피 데이터처럼 보입니다. 저도 처음에 그렇게 생각했습니다. 실제로 이것은 세포 기반 분석이고 데이터는 플레이트 판독기에서 나오므로 피크 선택 소프트웨어가 있는지는 모르겠습니다.
곡선 DOE 접근 방식 @yuichi_katsumur 제안 된 것이 여기서 가장 좋은 해결책 인 것 같습니다. 이는 어쩌면 과잉일 수도 있으며 이 작업을 수행하기 위해 Pro를 구입하는 사람은 상상할 수 없습니다. 그러나 그것은 여전히 좋은 예가 될 것이며 관련된 과학자의 목표를 충족한다고 생각합니다.
감사해요!
필
Re: 단일 피크 모양과 위치를 최적화하는 기능적 DOE이것은 크로마토그래피의 예인 것 같습니다.또 다른 간단한 접근 방식은 피크의 용출 시간과 피크 폭을 기록하는 것인데, 대부분의 최신 크로마토그래피 시스템은 이를 자동 또는 반자동으로 결정합니다.그런 다음 용리 시간과 피크 폭을 반응으로 사용합니다.
Re: 단일 피크 모양과 위치를 최적화하는 기능적 DOE안녕 @마크_베일리 ,
좋은 예시 데이터입니다!
응, 나도 그렇게 생각했어.
이 경우 피크 위치를 최적화하는 것이 주요 목표이므로 Curve DOE 접근 방식은 다음과 같습니다. @yuichi_katsumu1 최선의 선택인 것 같습니다.
감사해요,
필
Re: 단일 피크 모양과 위치를 최적화하는 기능적 DOEDTW는 모든 곡선을 참조에 맞춰 정렬하고 피크 위치(특징)를 잃습니다. 이 경우에는 DTW를 사용하지 않는 것이 좋습니다. 다음은 DTW가 없는 접근 방식과 DTW가 있는 접근 방식을 보여주는 예입니다. 황금곡선은 ID=1을 임의로 사용했고, DTW는 ID=2를 임의로 사용했습니다. 두 번째 분석에서는 위치를 최적화할 수 없습니다.
Names Default to Here( 1 );
dt = New Table( "Peak Shape and Location",
New Column( "Peak ID", "Character", "Nominal" ),
New Column( "X", "Numeric", "Continuous" ),
New Column( "Y", "Numeric", "Continuous" )
);
nPoints = 100;
nFunctions = 5;
id = {};
domain = Transpose( Index( 1, 100 ) );
response = time = [];
For( c = 1, c <= nFunctions, c++,
Insert Into( id, Eval( Repeat( List( Char( c ) ), nPoints ) ) );
time |/= domain;
response |/= Normal Density( domain, 10*c+20, c );
);
:Peak ID << Set Values( id );
:X << Set Values( time );
:Y << Set Values( response );
// launch and fit P-splines without DTW
dt << Functional Data Explorer( Y( :Y ), X( :X ), ID( :Peak ID ),
Data Processing( Load Targets( "1" ) ),
P Splines( Functional PCA( 1 ) )
);
// launch and fit P-splines with DTW
dt << Functional Data Explorer( Y( :Y ), X( :X ), ID( :Peak ID ),
Data Processing( Load Targets( "1" ), Dynamic Time Warping( Reference( "2" ) ) ),
P Splines( Functional PCA( 1 ) )
);
Re: 단일 피크 모양과 위치를 최적화하는 기능적 DOE좋은 아이디어, @yuichi_katsumur . 실제 데이터가 가우스 분포를 얼마나 잘 따르는지에 따라 달라질 것 같습니다. 그러나 나는 그것이 완벽하게 맞지는 않더라도 그들의 과학적 목적에 답하기에 충분할 수 있다고 생각합니다.
감사해요,
필
Re: 단일 피크 모양과 위치를 최적화하는 기능적 DOE안녕하세요 필,
데이터가 가우스 분포를 따르는 경우 "맞춤 곡선"을 사용하는 것은 어떻습니까? 첨부된 시뮬레이션 데이터를 확인하시기 바랍니다. 예전에 동료가 나에게 비슷한 질문을 한 적이 있다.
- 분석 > 전문 모델링 > 적합 곡선
- Y, X, 그룹, Z 역할에 요인을 할당합니다.
- 가우스 피크 모델 맞춤
- 빨간색 삼각형에서 "곡선 DOE 분석"을 선택합니다.
