単一ピークの形状と位置を最適化する機能的 DOEこんにちは、
JMP Pro ユーザーは、FDOE を使用して細胞アッセイを最適化することに興味を持っています。
各実行では、1 つのピークを持つ信号対時間曲線が生成されます。 曲線の形状と位置は要因によって異なります。 目標は、17 時間で鋭いピークを達成する要因条件を見つけることです。
Possible cell assay curves (left) and optimal (right)Possible cell assay curves (left) and optimal (right)可能な細胞アッセイ曲線 (左) と最適な細胞アッセイ曲線 (右)
これには DTW でピークを揃える必要があり、その後 FDE でさまざまな曲線形状をモデル化できるはずだと考えています。 ただし、最適化する方法を見つけるために、要因に対して DTW シフトをモデル化する必要があります。
誰かこのような例を見たことがありますか?
ありがとう、
フィル
Re: 単一ピークの形状と位置を最適化するための機能的 DOEこんにちは@SamGardner 、
はい、確かにクロマトグラフィーのデータのように見えます - 私もそれが最初の考えでした。 実際には、これは細胞ベースのアッセイであり、データはプレートリーダーから得られるものであるため、ピーク選択ソフトウェアがあるかどうかはわかりません。
Curve DOE のアプローチは、 @yuichi_カツムルここで提案されているのが最良の解決策のように思えます。 おそらくやりすぎであり、これを行うためだけに Pro を購入する人がいるとは想像できません。 しかし、これは依然として良い例であり、関与した科学者の目的を満たしていると思います。
ありがとう！
フィル
Re: 単一ピークの形状と位置を最適化するための機能的 DOEこれはクロマトグラフィーの例のようです。もう 1 つの簡単なアプローチは、ピークの溶出時間とピーク幅を記録することです。最新のクロマトグラフィー システムでは、これが自動または半自動で決定されます。次に、溶出時間とピーク幅を応答として使用します。
Re: 単一ピークの形状と位置を最適化するための機能的 DOEこんにちは@Mark_Bailey 、
素敵なサンプルデータです！
はい、そう思いました。
この場合、ピーク位置の最適化が主な目的であるため、Curve DOE アプローチは次のとおりです。 @yuichi_かつむ1最良の選択肢のようです。
ありがとう、
フィル
Re: 単一ピークの形状と位置を最適化するための機能的 DOEDTW はすべてのカーブを基準に合わせて調整し、ピークの位置 (特徴) を失います。 この場合、DTW を使用しない方がよいでしょう。 ここでは、DTW を使用しない場合と使用する場合のアプローチを説明する例を示します。 ID=1 をゴールデン カーブとして任意に使用し、DTW には ID=2 を任意に使用しました。 2 回目の分析では位置を最適化することはできません。
Names Default to Here( 1 );
dt = New Table( "Peak Shape and Location",
New Column( "Peak ID", "Character", "Nominal" ),
New Column( "X", "Numeric", "Continuous" ),
New Column( "Y", "Numeric", "Continuous" )
);
nPoints = 100;
nFunctions = 5;
id = {};
domain = Transpose( Index( 1, 100 ) );
response = time = [];
For( c = 1, c <= nFunctions, c++,
Insert Into( id, Eval( Repeat( List( Char( c ) ), nPoints ) ) );
time |/= domain;
response |/= Normal Density( domain, 10*c+20, c );
);
:Peak ID << Set Values( id );
:X << Set Values( time );
:Y << Set Values( response );
// launch and fit P-splines without DTW
dt << Functional Data Explorer( Y( :Y ), X( :X ), ID( :Peak ID ),
Data Processing( Load Targets( "1" ) ),
P Splines( Functional PCA( 1 ) )
);
// launch and fit P-splines with DTW
dt << Functional Data Explorer( Y( :Y ), X( :X ), ID( :Peak ID ),
Data Processing( Load Targets( "1" ), Dynamic Time Warping( Reference( "2" ) ) ),
P Splines( Functional PCA( 1 ) )
);
Re: 単一ピークの形状と位置を最適化するための機能的 DOEいい案、 @yuichi_カツムル。 実際のデータがどの程度ガウス分布に従うかに依存すると思います。 しかし、たとえ完全に適合していなくても、科学的目的に答えるには十分ではないかと私は考えています。
ありがとう、
フィル
Re: 単一ピークの形状と位置を最適化するための機能的 DOEこんにちは、フィルさん
データがガウス分布に従う場合は、「フィット曲線」を使用してみてはどうでしょうか? 添付のシミュレーションデータをご覧ください。 私の同僚も以前に同様の質問をしました。
- 分析 > 特殊なモデリング > カーブのフィット
- 因子を Y、X、グループ、Z の役割に割り当てます。
- ガウス ピーク モデルのフィット
- 赤い三角形から「Curve DOE Analysis」を選択します。
