Bonjour. Mon nom est Marie Gérus-Durand, et Je suis fonctionnement pour C Recherche erba Montpellier. Aujourd'hui, je volonté montrer toi comment nous ensemble en haut automatisation de immunohistochimie données analyse pour protocole validation dans Montpellier en utilisant JMP et c'est outils comme tableau de bord et ajouter à les fonctions.
D'abord, quelques mots à propos Recherche Cerba, c'est un mondial entreprise avec capacités dans tous le continents. Ici je Souligné dans jaune le département Je suis fonctionnement pour. C'est un Histopathologie EHC Département. Comme toi peut voir, Je suis basé dans Montpellier dans France.W e avoir aussi autre laboratoires dans NOUS, dans Nouveau York, et dans Taïwan dans Taïpei.
D'abord de tous, quoi est immunohisto chimie? Le but de le technique est à détecter cible les protéines principalement sur un tissu échantillon. Ici toi avoir un tranche de un tissu, pour exemple, quand toi faire un biopsie. Nous volonté regarder à le cibles de intérêt en utilisant des anticorps, lequel volonté détecter le cible. Ce anticorps est reconnu par un autre un lequel est combiné avec chromal fluoroforme ou actif Composants que permettre le détection de le cible. Ici toi voir, pour exemple, ces trois Composants sont Souligné, signification que anticorps lier il et nous peut détecter il. Après le expérience, nous peut peut regarder à le diapositives sous microscope ou en utilisant un scanner, lequel permettre visualisation et analyse de le résultats.
Sur le suivant glisser, je juste Zoom dans donc toi peut voir mieux quoi il regards comme. Ici c'est un peau échantillon et toi avoir un cellule nucléaire dans bleu et le cible de intérêt dans rouge. Un de les défis dans immunohisto chimie et histopathologie est que toi avoir beaucoup possible protocoles, colorations. Ici sur le gauche, c'est deux différent histologique colorations. Il n'a pas impliquer anticorps comme je montrer toi, mais il juste réactif avec le différent Composants de le tissus. Toi voir ici pour le MOVAT, nous avoir cinq couleurs. Pour le IL, nous avoir seulement un couleur, mais le intensité dépend sur le taper de structure toi sont regarder à dans le tissu.
Sur le droite, toi avoir deux immunohistochimie protocole. Un simplexe, nous appelé il, parce que nous détecter seulement un cible, et c'est un chromogène ici. C'est dans brun. Sur le haut droite, toi avoir un multiplex. H avant nous détecter beaucoup Composants. Ici c'est un quadruplex, quatre cibles sur le même glisser, et chaque est révélé par différent couler de travail. Toi avoir différent couleur pour chaque de le cibles.
Parmi de ces coloration détection possibilités, alors toi avoir un multitude de possible analyse méthode.Le diapositives peut être analysé par un pathologiste, lequel volonté donner nous qualitatif ou semi- quantitatif données, ou par image analyse, lequel volonté donner nous quantitatif données. Un autre couche de que est que toi peut avoir à déclarer paramètres lequel sont célibataire. Pour exemple, si toi avoir un simpleplex, toi détecter le des cibles, seulement un cible, et toi évaluer seulement un paramètre comme pourcentage de positif cellules, pour exemple, ou toi peut avoir beaucoup. Pour un cible, toi peut avoir le pourcentage de positif cellules et un spécifique histologie score. Ou si toi avoir un multiplex, alors toi peut multiplier ce pour tous cibles dans le multiplex.Chaque rapport niveau paramètre est cible- dépendant. Toi peut imaginer que nous avoir un parcelle de combinaison que nous peut avoir à accéder pendant notre validations.
Dans Recherche Cerba M ontpellier, dans 2022, nous avoir un petit partie, comme 20 % de notre projet en rapport à animaux. Nous sont étudier animal des échantillons. Le autre projets étaient sur humain des échantillons. Parmi ce, la plupart de eux sont quatre clinique essais de le projet. C'est un très [inaudible 00:04:56] . W e avoir quelques autres que sont dehors clinique essais, un quart de eux, et un petit portion, 3 % que sont CASQUETTE conforme.CASQUETTE est un spécifique régulation pour NOUS. C'est à savoir que avant être utilisé dans un clinique procès, nous devrait démontrer que notre protocole que nous développé dans Montpellier montrer cohérence dans résultats pour section de le même échantillon. Si nous analyser le échantillon à différent tapez des points, pour exemple, le échantillons de les patients impliqué dans le étude, le d'abord année devrait être le même que dans le cinq années après.
Sur le différent des automates, nous avoir à notre différent des sites, et quand le échantillons sont analysé par différent les opérateurs ou pathologistes. Ce s'applique un rigoureux validation selon à le santé agence, et ce validation est principalement basé sur statistique critère.
Le implication pour le entreprise est que nous besoin à augmenter le équipe membres à soutien le en augmentant nombre de projets nous avoir chaque année, et nous besoin un normale genre statistique analyse pipeline à être bien sûr que nous volonté donner tous notre clients le même taper de résultats. Évidemment, nous besoin statistique analyse outil, et c'est quand nous choisir JMP à soutien notre validation de le protocole.
Aujourd'hui, je volonté montrer toi seulement un partie de quoi nous sont faire parce que je ne le faites pas avoir temps à montrer toi tout.je choisi un assez simple exemple. C'est une sorte de expérience nous faire à valider le précision de le protocole, signification que nous vérifier le intra-série , lequel est appelé répétabilité précision sur trois diapositives. Ici sont le trois ceux Souligné dans violet dans le même faire du vélo. Le trois diapositives je courir à le même temps, ils viens depuis le même échantillon, et nous juste vérifier que nous avoir le même données. Le inter-course, reproductibilité, test sur deux diapositives Souligné dans bleu dans chaque faire du vélo. Dans total, nous avoir six diapositives sur trois cycles.
Pour à déclarer paramètres, je volonté utiliser un image analyse base de données, lequel est quantitatif données et généralement Plus facile à analyser. Nous volonté avoir deux à déclarer paramètres pour un cible.
Comment faire toi commencer? D'abord, nous besoin à importer le données. je ne le faites pas savoir si toi sont familier avec que. Mais dans notre cas, nous avoir données soit depuis Mot documents, donc nous utiliser le Mot Importer Outil disponible sur JMP communauté site web . je mettre le lien ici donc toi peut aller et trouver il encore. Ou nous importer données depuis Exceller soit directement par ouverture le déposer dans JMP ou par en utilisant le JMP outil dans Exceller.
Pour ce présentation, juste à être plus rapide, je créer quelques scénario à aide moi à se concentrer sur le tableau de bord création après que, lequel volonté prendre plus temps. Mais ce est juste quelques scénario et juste à être plus rapide, mais je volonté pas développer dans il alors. Ici je volonté ouvrir un données tableau depuis Projet X ici. Comme toi peut voir, c'est un assez simple tableau. je avoir quatre Colonnes avec le validation, le glisser IDENTIFIANT, lequel sont interne glisser Nombres, et le base de données pour mon deux à déclarer paramètres. Ce données continue parce que ils viens depuis image analyse.
Une fois je avoir ce, je volonté besoin à préparer mon données. C'est un la plupart temps consommant partie de analyse données. Encore, c'est pourquoi je avoir un scénario. Toi voir le cinq Colonnes où je a fait. Le échantillon à être capable à corrélatif chaque données à le même échantillon, lequel est un partie de le glisser IDENTIFIANT nous avoir intérieurement. je juste obtenir un formule ici à aide moi à faire que. Le glisser nombre, lequel sont le dernier chiffres de le glisser IDENTIFIANT, et le glisser commande, le 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 pour chaque échantillon. Merci à ce glisser commande, je serait dire, je mettre en œuvre le répétiteur.Le trois d'abord diapositives lequel étaient rester dans le même faire du vélo pour répétiteur, et deux d'abord diapositives de chaque faire du vélo pour reproductivité test.
Ici je avoir tous le information nécessaire à faire mon analyse. je aller dos à mon journal, et nous volonté vouloir à faire le tableau de bord question. je toujours avoir quelques pas à faire avant que parce que je serait comme à avoir tous le analyse je vouloir à mettre dans le tableau de bord. Ici sont le deux petit tableau toi voir où nous sont requis à analyser le CV de notre protocole pour chaque échantillon pour répétabilité. je choisi seulement le trois d'abord diapositives merci à le locale données filtre. Le même pour reproductibilité, où toi voir je avoir le diapositives depuis le reproductibilité colonne.
Ici sont le données que je besoin. Ce données je mis à jour eux dans ici. Toi voir je avoir beaucoup plus Colonnes maintenant. C'est Plus facile à trouver le nom ici. je avoir le échantillon CV pour répétabilité, pour à déclarer paramètre 1 et 2, et alors le même pour reproductibilité pour le deux paramètres, et alors je faire le signifier de les deux échantillons pour chaque de ces Colonnes. Ici, tous le données je volonté besoin à mettre en œuvre dans mon tableau de bord.je peut croix ce tableau. je ne le faites pas besoin eux plus.
je volonté maintenant faire le graphiques et les tables que volonté vraiment ajuster dans le tableau de bord. Encore, quoi je vouloir à montrer à le client est le distribution de le données pour répétabilité. je mettre comme Bien le standard déviation et le signifier. Généralement, c'est joli bien ici et pour reproductibilité où je avoir tous mon six diapositives. Alors je serait mettre un tableau avec un CV pour chaque échantillon pour répétabilité et le reproductibilité sur le gauche pour le d'abord paramètre et sur le droite pour le deuxième un. Le même contour pour le signifier de le deux des échantillons.
Ces sont le quatre partie je vouloir à montrer sur mon tableau de bord. je volonté montrer toi comment il regards comme. je vouloir à obtenir quelque chose comme que. Ce est souvent je a fait que je peut montrer il, le deux graphiques et le deux tableau. C'est quoi je serait montrer toi comment à faire maintenant. Toi voir que tous le graphiques sont à le même données tableau, Désolé, et c'est beaucoup Plus facile à faire le tableau de bord après. je enregistré comme Bien tous le scripts donc je peut refaire eux chaque fois que je vouloir. je volonté créer un nouveau déposer, nouveau tableau de bord.Toi avoir beaucoup modèles.je généralement commencer depuis vide et juste toi avoir à mettre dans quoi toi vouloir à voir. Parfois c'est un peu difficile parce que c'est petit, mais nous toujours gérer à trouver notre chemin.
Mon tableau à le bas, toi juste baisse eux où toi vouloir à avoir eux. C'est joli simple. Toi peut changement le noms de chacun partie, donc je volonté pas faire il juste. Mais toi peut voir que toi peut modifier tous le les pièces. Toi peut courir ton scénario et alors donner toi le tableau de bord. C'est joli similaire à quoi je montré toi avant. je avoir mon deux les tables à le bas et mon deux graphiques à le haut ici. je avoir inversé le deux, donc je généralement préférer à commencer avec répéter que. je volonté juste changer eux. Si je mettre il où quelque chose était déjà, ils juste changer.
Ici nous sont. Ce est le mise en page je vouloir, donc c'est bien. Après, toi peut jouer à voir mieux, plus ou moins, de le tableau, et cetera. Mais ce est juste pour visuel [inaudible 00:15:00] processus. Alors, d'accord, maintenant nous avoir tableau de bord, mais il serait être plus intéressé si nous peut directement aller pour le tableau de bord quand toi avoir tous ton données toi vouloir sur le tableau de bord et Cliquez sur et toi avoir un tableau de bord.Pour que, nous juste besoin à faire un ajouter- dans. C'est assez simple. Merci à le la magie Triangle, je appel il, le rouge Triangle ici. Toi Cliquez sur Sauvegarder Scénario et juste À Ajouter-I n. Alors il volonté créer un scénario que volonté faire le même tableau de bord encore.
Allons aller dos à le données tableau. je volonté fermer ce un. Toi sont bien sûr que le un que toi volonté voir est pas ça un. Désolé, je je ne devrais pas avoir fermé il avant faire le tableau de bord. je volonté juste utiliser ce à être plus rapide et pas à créer il encore. Ici, si toi Cliquez sur sur le rouge, Sauvegarder Scénario, À Ajouter -Dans. Alors ce est le nom toi volonté avoir dans le ajouter- dans liste, mais c'est à gérer ton ajouter- ins, je serait dire, mais c'est pas le un que volonté chiffre dehors dans le ajouter à languette dans JMP. Le nom que tu es dans le ajouter à languette est ce un. Pour aujourd'hui, je serait juste appel il Test donc je savoir lequel un est ce. Sauvegarder. Toi voir ici, toi avoir tous le scénario utilisé par JMP à faire ce tableau de bord, et je volonté sauvegarder il dans notre Projet X. Ici toi voir il prendre le nom sur le d'abord languette Tableau de bord seulement.
je sauvegarder il. Ici je avoir ce les deux cocher Installer après sauvegarder, donc il était déjà mettre dans mon ajouter à liste. Si le boîte était pas coché, alors toi avoir juste à aller à le emplacement. Toi sauvegarder ton déposer et Cliquez sur sur il et c'est installée. Maintenant je peut fermer ce tableau de bord .
je avoir créé mon compléter déjà. Maintenant, comment à utiliser il? je juste est allé un peu plus rapide. Si toi ouvrir il, il installe. Comme je avoir il déjà, je volonté pas commencer il. C'est juste sous il. Si toi aller à Voir, Compléments, Désolé, Tableau de bord, et Se désinscrire, c'est pas effacé. je volonté trouver il encore quand je aller à mon projet. Ici toi voir je avoir il. Si je double -Cliquez sur, il demander moi si je vouloir à installer il. Bien sûr, je vouloir à installer il. C'est dos ici encore. Toi peut partager il. Toi juste avoir à copie le même déposer je cliqué sur et pâte il dans un partagé dossier ou envoyer il à un JMP utilisateur collègue. Toi peut modifier il. Pour ce toi avoir à aller dans Ouvrir. Encore, ce est le tableau de bord mais alors le noir Cliquez sur ce temps, juste aller sur le flèche ici à ouvrir et Ouvrir en utilisant Ajouter à Constructeur.
Ici toi aller dos à le d'abord temps fenêtre où toi avoir ton scénario ici, et toi peut soit modifier le scénario ou mettre autre les fonctions que je ne le faites pas vraiment utiliser, à être honnête. Mais toi avoir beaucoup les fonctions. Je suis bien sûr toi volonté trouver plus information sur JMP site web à propos que. Ce, pour exemple, volonté permettre toi à mettre tous le préparation étape dans le même complément. Quand toi courir, tout est fait à le même temps. Ce est il.
Dans conclusion, en utilisant ce tableau de bord et ajouter à les fonctions permettre nous à avoir rapports cohérence parce que nous avoir toujours le même ensemble en haut de résultats à envoyer à le clients. Nous augmenter le traçabilité. Merci comme Bien pour le utiliser de le scripts parce que nous sont bien sûr que nous sont tous faire le même. je c'est un super temps épargnant parce que comme toi dire, je juste avoir à Cliquez sur sur un bouton et je avoir mon tableau de bord. Si toi combiner ce avec un timing de précision. Tous le données préparation, alors toi avoir ton tableau, toi Cliquez sur sur un bouton, et toi avoir tout fait. C'est un super temps épargnant.
C'est tous je recherché à montrer toi aujourd'hui. je espoir toi apprécier il.Si toi avoir n'importe lequel question, ne le faites pas hésiter à atteindre dehors à moi soit par e-mail- toi avoir le e-mail sur le d'abord glisser ici- ou à travers le JMP communauté. Remercier toi.
