JMP Pro 17 incorpora un cambio significativo en la forma en que se realiza el análisis de datos genómicos en JMP. Anteriormente, JMP dependía de una conexión backend a SAS para realizar cálculos e importaciones de datos primarios utilizando cuadros de diálogo de interfaz de usuario personalizados y paneles de salida en JMP. La nueva versión le permite realizar este trabajo directamente en JMP Pro y ya no utiliza SAS ni personalizaciones adicionales. El distinguido investigador Russ Wolfinger ( @russ_wolfinger ) dice: “Este cambio dramático permitirá optimizar y perfeccionar muchos flujos de trabajo de análisis genómicos. Si bien queda mucho trabajo por hacer, la oferta inicial es muy poderosa y ofrece muchas capacidades clave”. Russ nos ofrece un vistazo a estos interesantes cambios en el análisis de datos genómicos.
¿Qué problemas resuelven los cambios para nuestros usuarios?
El nuevo marco se basa directamente en la interfaz JMP estándar, lo que hace que muchos pasos sean mucho más familiares y sencillos para quienes conocen JMP. Además, una nueva guía, Análisis genómico con JMP Pro , ayudará a los usuarios que trabajan con este tipo de datos y análisis.
¿Puede darnos un ejemplo de cómo podría ser la experiencia para un usuario de JMP?
Los puntos de partida típicos son Archivo > Abrir para datos en un solo archivo o Archivo > Importar varios archivos para datos de varios archivos. Muchos formatos comunes, como vcf, bed, gff e IDAT, se detectan automáticamente. Las rutinas de importación generalmente crean una tabla JMP en forma "ancha", con muestras como filas y genes como columnas, y esta tabla amplia está lista para usarse en muchas plataformas JMP Pro, dependiendo de los objetivos del análisis.
Muchas de las operaciones de tablas de datos y plataformas de análisis se han optimizado para estos problemas de "datos amplios", lo que permite al usuario aplicar fácilmente las herramientas de análisis de JMP Pro con miles de variables. El lanzamiento también presenta tres nuevas plataformas que son particularmente relevantes: Estadísticas de marcadores, Simulación de marcadores e Incrustación multivariada.
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¿Cuáles son los impactos que esto puede tener en el trabajo de los usuarios y en las organizaciones?
Con un nuevo trabajo clave para mejorar el rendimiento en tablas grandes y anchas, varias rutinas de importación y análisis son órdenes de magnitud más rápidos. Los resultados de cada paso son mucho más inmediatos, lo que permite una interpretación más sencilla y posibilidades de retroceder, realizar comparaciones lado a lado y una rápida convergencia hacia descubrimientos y conclusiones importantes.
¿Qué crees que sorprenderá o deleitará a los usuarios sobre esto?
Muchos usuarios se sorprenderán de lo rápido y potente que es el análisis de datos genómicos detallados dentro del nuevo marco JMP Pro. También hemos creado un libro complementario en línea, Genomic Analysis with JMP Pro , para guiar a los usuarios en la aplicación de JMP Pro a este tipo de problemas.
