JMP Pro 17 incorpora un cambio significativo en la forma en que se realiza el análisis de datos genómicos en JMP. JMP anteriormente dependía de una conexión back-end a SAS para realizar la importación de datos primarios y los cálculos utilizando cuadros de diálogo de interfaz de usuario personalizados y paneles de salida en JMP. La nueva versión le permite hacer este trabajo directamente en JMP Pro y ya no usa SAS ni personalizaciones adicionales. Distinguido Investigador Russ Wolfinger ( @russ_wolfinger ) dice: “Este cambio drástico permitirá optimizar y refinar muchos flujos de trabajo de análisis genómico. Si bien queda mucho trabajo por hacer, la oferta inicial es muy poderosa y ofrece muchas capacidades clave”. Russ nos da un vistazo a estos emocionantes cambios en el análisis de datos genómicos.
¿Qué problemas resuelven los cambios para nuestros usuarios?
El nuevo marco se basa directamente en la interfaz JMP estándar, lo que hace que muchos pasos sean mucho más familiares y sencillos para quienes conocen JMP. Además, una nueva guía, Análisis genómico con JMP Pro, ayudará a los usuarios que trabajan con este tipo de datos y análisis. La guía está programada para publicarse pronto.
¿Puede dar un ejemplo de cómo podría ser la experiencia para un usuario de JMP?
Los puntos de inicio típicos son Archivo > Abrir para datos en un solo archivo o Archivo > Importar varios archivos para datos de varios archivos. Muchos formatos comunes como vcf, bed, gff e IDAT se detectan automáticamente. Las rutinas de importación suelen crear una tabla JMP en forma "ancha", con muestras como filas y genes como columnas, y esta tabla ancha está lista para usarse en muchas plataformas JMP Pro, según los objetivos del análisis.
Muchas de las plataformas de análisis y operaciones de tablas de datos se han optimizado para estos problemas de "datos amplios", lo que permite al usuario aplicar fácilmente las herramientas de análisis de JMP Pro con muchos miles de variables. El lanzamiento también presenta tres nuevas plataformas que son particularmente relevantes: estadísticas de marcadores, simulación de marcadores e incrustación multivariante.
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¿Cuáles son los impactos que esto puede tener en el trabajo de los usuarios y en las organizaciones?
Con un nuevo trabajo clave para mejorar el rendimiento en tablas grandes y anchas, varias rutinas de importación y análisis son mucho más rápidos. Los resultados de cada paso son mucho más inmediatos, lo que permite una interpretación más rápida y posibilidades de retroceder, comparaciones en paralelo y una convergencia rápida a descubrimientos y conclusiones importantes.
¿Qué crees que sorprenderá o deleitará a los usuarios sobre esto?
Muchos usuarios se sorprenderán de lo rápido y poderoso que es el análisis de datos genómicos detallados dentro del nuevo marco JMP Pro. También hemos creado un libro complementario en línea, Análisis genómico con JMP Pro, para guiar a los usuarios a través de la aplicación de JMP Pro a este tipo de problemas.
