JMP Pro 17 对 JMP 中执行基因组数据分析的方式进行了重大更改。 JMP 以前依赖 SAS 的后端连接,使用 JMP 中的自定义用户界面对话框和输出仪表板执行主要数据导入和计算。新版本允许您直接在 JMP Pro 中完成此工作,不再使用 SAS 或其他自定义设置。杰出研究员 Russ Wolfinger ( @russ_wolfinger ) 表示:“这一巨大变化将简化和完善许多基因组学分析工作流程。虽然还有很多工作要做,但最初的产品非常强大,并提供了许多关键功能。” Russ 让我们了解了基因组数据分析的这些令人兴奋的变化。
这些变化为我们的用户解决了哪些问题?
新框架直接依赖于标准 JMP 界面,使了解 JMP 的人员更加熟悉和简单地执行许多步骤。此外,新指南《 使用 JMP Pro 进行基因组分析》将为处理这些类型的数据和分析的用户提供帮助。
您能否举例说明 JMP 用户的体验如何?
典型的起点是“文件”>“打开”(对于单个文件中的数据)或“文件”>“导入多个文件”(对于多个文件中的数据)。自动检测许多常见格式,例如 vcf、bed、gff 和 IDAT。导入例程通常会创建“宽”形式的 JMP 表,其中样本作为行,基因作为列,并且该宽表可以根据分析目标在许多 JMP Pro 平台中使用。

许多数据表操作和分析平台都针对这些“宽数据”问题进行了优化,使用户能够轻松应用JMP Pro的分析工具来处理数千个变量。该版本还具有三个特别相关的新平台:标记统计、标记模拟和多元嵌入。
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这会对用户的工作和组织产生哪些影响?
通过关键的新工作来提高大型宽表的性能,一些导入例程和分析的速度提高了几个数量级。每个步骤的结果都更加直接,允许更容易的解释和回溯、并排比较以及快速收敛到重要发现和结论的可能性。
您认为这会让用户感到惊讶或高兴吗?
许多用户会对新的 JMP Pro 框架中详细基因组数据分析的速度和强大程度感到惊讶。我们还创建了一本配套的在线书籍《 使用 JMP Pro 进行基因组分析》 ,以指导用户应用 JMP Pro 解决这些类型的问题。