JMP Pro 17 对在 JMP 中执行基因组数据分析的方式进行了重大更改。 JMP 以前依靠与 SAS 的后端连接来使用 JMP 中的自定义用户界面对话框和输出仪表板来执行主要数据导入和计算。 新版本允许您直接在 JMP Pro 中完成这项工作,不再使用 SAS 或其他自定义。 杰出研究员拉斯沃尔芬格( @russ_wolfinger ) 说,“这种巨大的变化将允许简化和改进许多基因组学分析工作流程。 虽然还有很多工作要做,但最初的产品非常强大,并提供了许多关键功能。” Russ 让我们了解了基因组数据分析的这些令人兴奋的变化。
这些更改为我们的用户解决了哪些问题?
新框架直接依赖于标准的 JMP 接口,使得许多步骤对于了解 JMP 的人来说更加熟悉和直接。 此外,新指南“使用 JMP Pro 进行基因组分析”将帮助使用这些类型的数据和分析的用户。 该指南计划很快发布。
您能否举例说明 JMP 用户的体验如何?
典型的起点是文件 > 打开单个文件中的数据或文件 > 导入多个文件以获取多个文件中的数据。 自动检测许多常见格式,例如 vcf、bed、gff 和 IDAT。 导入例程通常会以“宽”形式创建一个 JMP 表,其中样本为行,基因为列,并且此宽表已准备好在许多 JMP Pro 平台中使用,具体取决于分析目标。

许多数据表操作和分析平台已针对这些“宽数据”问题进行了优化,允许用户轻松应用 JMP Pro 的分析工具与数千个变量。 该版本还具有三个特别相关的新平台:标记统计、标记模拟和多变量嵌入。
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这会对用户的工作和组织产生什么影响?
通过提高大型宽表性能的关键新工作,一些导入例程和分析速度提高了几个数量级。 每个步骤的结果更加直接,允许更容易解释和回溯、并排比较以及快速收敛到重要发现和结论的可能性。
你认为什么会让用户对此感到惊讶或高兴?
许多用户会惊讶于新的 JMP Pro 框架内详细的基因组数据分析的速度和强大程度。 我们还创建了配套的在线书籍,使用 JMP Pro 进行基因组分析,以指导用户将 JMP Pro 应用于这些类型的问题。