JMP Pro 17에는 JMP에서 게놈 데이터 분석이 수행되는 방식이 크게 변경되었습니다. JMP는 이전에 SAS에 대한 백엔드 연결을 사용하여 JMP의 사용자 정의된 사용자 인터페이스 대화 상자 및 출력 대시보드를 사용하여 기본 데이터 가져오기 및 계산을 수행했습니다. 새 릴리스에서는 이 작업을 JMP Pro에서 직접 수행할 수 있으며 더 이상 SAS나 추가 사용자 정의를 사용하지 않습니다. 저명한 연구원인 Russ Wolfinger( @russ_wolfinger )는 이렇게 말합니다. “이러한 극적인 변화를 통해 많은 유전체학 분석 워크플로우를 간소화하고 개선할 수 있습니다. 아직 많은 작업이 남아 있지만 초기 제품은 매우 강력하고 많은 핵심 기능을 제공합니다.” Russ는 유전체학 데이터 분석에 대한 이러한 흥미로운 변화를 보여줍니다.
변경 사항으로 인해 사용자의 어떤 문제가 해결됩니까?
새로운 프레임워크는 표준 JMP 인터페이스에 직접적으로 의존하므로 JMP를 아는 사람들에게는 많은 단계가 훨씬 더 친숙하고 간단해집니다. 또한 새로운 가이드 인 JMP Pro를 사용한 게놈 분석은 이러한 유형의 데이터 및 분석을 사용하는 사용자에게 도움이 될 것입니다.
JMP 사용자의 경험이 어떨지 예를 들어주실 수 있나요?
일반적인 시작점은 단일 파일의 데이터인 경우 파일 > 열기이고, 여러 파일의 데이터인 경우 파일 > 여러 파일 가져오기입니다. vcf, bed, gff 및 IDAT와 같은 많은 일반적인 형식이 자동으로 감지됩니다. 가져오기 루틴은 일반적으로 샘플을 행으로, 유전자를 열로 사용하는 '와이드' 형식의 JMP 테이블을 생성하며, 이 와이드 테이블은 분석 목적에 따라 많은 JMP Pro 플랫폼에서 사용할 준비가 되어 있습니다.
많은 데이터 테이블 작업 및 분석 플랫폼이 이러한 '광범위 데이터' 문제에 최적화되어 있어 사용자는 수천 개의 변수가 포함된 JMP Pro의 분석 도구를 쉽게 적용할 수 있습니다. 이 릴리스에는 특히 관련성이 높은 세 가지 새로운 플랫폼인 마커 통계, 마커 시뮬레이션 및 다변량 임베딩도 포함되어 있습니다.
![GeneticAnalysis_25[1].png](https://us.v-cdn.net/6038925/uploads/images/46588i2C432422A0522371/GeneticAnalysis_25%5B1%5D.png "GeneticAnalysis_25[1].png")
![GeneticAnalysis_3[2].png](https://us.v-cdn.net/6038925/uploads/images/46589iD2F23898A3EDDF65/GeneticAnalysis_3%5B2%5D.png "GeneticAnalysis_3[2].png")
이것이 사용자의 작업과 조직에 어떤 영향을 미칠 수 있습니까?
대규모 와이드 테이블의 성능을 향상시키기 위한 주요 새로운 작업을 통해 여러 가져오기 루틴 및 분석이 훨씬 더 빨라졌습니다. 각 단계의 결과는 훨씬 더 즉각적이므로 역추적, 병렬 비교, 중요한 발견 및 결론에 대한 빠른 수렴을 위한 보다 준비된 해석과 가능성이 가능합니다.
이에 대해 사용자를 놀라게 하거나 기쁘게 할 것이 무엇이라고 생각하시나요?
많은 사용자는 새로운 JMP Pro 프레임워크 내에서 상세한 게놈 데이터 분석이 얼마나 빠르고 강력하게 이루어지는지 놀라게 될 것입니다. 또한 이러한 유형의 문제에 JMP Pro를 적용하는 방법을 사용자에게 안내하기 위해 온라인 책인 Genomic Analysis with JMP Pro 도 만들었습니다.
