JMP Pro 17 には、JMP でのゲノムデータ分析の実行方法に大幅な変更が組み込まれています。 JMP は以前、SAS へのバックエンド接続に依存して、JMP のカスタマイズされたユーザー インターフェイス ダイアログと出力ダッシュボードを使用してプライマリ データのインポートと計算を実行していました。新しいリリースでは、この作業を JMP Pro で直接実行できるようになり、SAS や追加のカスタマイズは使用されなくなりました。特別研究員の Russ Wolfinger ( @russ_wolfinger ) は次のように述べています。「この劇的な変化により、多くのゲノム解析ワークフローの合理化と洗練が可能になります。まだ多くの作業が残っていますが、最初の製品は非常に強力で、多くの重要な機能を提供します。」 Russ は、ゲノミクス データ分析に対するこれらのエキサイティングな変化について説明します。
この変更によりユーザーにとってどのような問題が解決されるのでしょうか?
新しいフレームワークは標準の JMP インターフェイスに直接依存しているため、JMP を理解している人にとって多くの手順がより親しみやすく、簡単になります。さらに、新しいガイド「 Genomic Analysis with JMP Pro」は、この種のデータや分析を扱うユーザーを支援します。
JMP ユーザーにとってのエクスペリエンスがどのようなものになるかを例を挙げて教えていただけますか?
一般的な開始点は、単一ファイルのデータの場合は「ファイル」>「開く」、複数のファイルのデータの場合は「ファイル」>「複数のファイルのインポート」です。 vcf、bed、gff、IDAT などの多くの一般的な形式が自動的に検出されます。インポート ルーチンは通常、行としてサンプル、列として遺伝子を含む「ワイド」形式の JMP テーブルを作成します。このワイド テーブルは、分析目的に応じて多くの JMP Pro プラットフォームですぐに使用できます。
データ テーブル操作および分析プラットフォームの多くは、これらの「広範なデータ」問題に対して最適化されており、ユーザーは何千もの変数を含む JMP Pro の分析ツールを簡単に適用できます。このリリースには、特に関連性の高い 3 つの新しいプラットフォーム (マーカー統計、マーカー シミュレーション、および多変量埋め込み) も含まれています。
![GeneticAnalysis_25[1].png](https://us.v-cdn.net/6038925/uploads/images/46588i2C432422A0522371/GeneticAnalysis_25%5B1%5D.png "GeneticAnalysis_25[1].png")
![GeneticAnalysis_3[2].png](https://us.v-cdn.net/6038925/uploads/images/46589iD2F23898A3EDDF65/GeneticAnalysis_3%5B2%5D.png "GeneticAnalysis_3[2].png")
これはユーザーの仕事や組織にどのような影響を与える可能性がありますか?
大規模で幅の広いテーブルのパフォーマンスを向上させるための重要な新しい作業により、いくつかのインポート ルーチンと分析が桁違いに高速化されました。各ステップの結果はより即時的に得られるため、より容易な解釈が可能になり、後戻り、並べての比較、重要な発見と結論への迅速な収束の可能性が可能になります。
これについてユーザーは何を驚き、あるいは喜ばせると思いますか?
多くのユーザーは、新しい JMP Pro フレームワーク内での詳細なゲノム データ分析の高速性と強力さに驚かれるでしょう。また、このようなタイプの問題にJMP Pro を適用する方法をユーザーに案内する、関連オンライン ブック『JMP Pro によるゲノム分析』も作成しました。
