JMP Pro 17 では、JMP でのゲノムデータ解析の実行方法が大幅に変更されました。 JMP は以前、SAS へのバックエンド接続に依存して、JMP のカスタマイズされたユーザー インターフェイス ダイアログと出力ダッシュボードを使用して、一次データのインポートと計算を実行していました。 新しいリリースでは、この作業を JMP Pro で直接行うことができ、SAS や追加のカスタマイズを使用しなくなりました。 特別研究員ラス・ウォルフィンガー ( @russ_wolfinger ) は次のように述べています。 多くの作業が残っていますが、最初の製品は非常に強力で、多くの重要な機能を提供します。」 Russ は、ゲノミクス データ分析に対するこれらの刺激的な変化について説明します。
変更によってユーザーのどのような問題が解決されますか?
新しいフレームワークは、標準の JMP インターフェイスに直接依存しているため、JMP を知っている人にとっては、多くの手順がより親しみやすく、簡単になります。 さらに、新しいガイド、JMP Pro を使用したゲノム解析は、これらのタイプのデータと解析を扱うユーザーを支援します。 ガイドはまもなくリリースされる予定です。
JMPユーザーにとってのエクスペリエンスがどのようなものになるか、例を挙げていただけますか?
一般的な開始点は、単一ファイル内のデータの場合は [ファイル] > [開く] で、複数のファイルからのデータの場合は [ファイル] > [複数ファイルのインポート] です。 vcf、bed、gff、IDAT などの多くの一般的な形式が自動的に検出されます。 インポート ルーチンは通常、サンプルを行、遺伝子を列とする「ワイド」形式の JMP テーブルを作成します。このワイド テーブルは、分析の目的に応じて、多くの JMP Pro プラットフォームですぐに使用できます。
データ テーブル操作および分析プラットフォームの多くは、これらの「ワイド データ」の問題に合わせて最適化されており、ユーザーは何千もの変数を使用して JMP Pro の分析ツールを簡単に適用できます。 このリリースには、特に関連性の高い 3 つの新しいプラットフォームも含まれています。Marker Statistics、Marker Simulation、および Multivariate Embedding です。
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これは、ユーザーの仕事や組織にどのような影響を与える可能性がありますか?
大きな幅の広いテーブルでのパフォーマンスを改善するための重要な新しい作業により、いくつかのインポート ルーチンと分析が桁違いに高速化されています。 各ステップからの結果はより即時的であり、より迅速な解釈と、後戻り、並べて比較、および重要な発見と結論への迅速な収束の可能性を可能にします。
これについてユーザーを驚かせたり、喜ばせたりすることは何だと思いますか?
多くのユーザーは、新しい JMP Pro フレームワーク内での詳細なゲノム データ解析の高速性と強力さに驚かれることでしょう。 また、関連するオンライン ブック、Genomic Analysis with JMP Pro も作成しており、これらの問題に JMP Pro を適用する方法をユーザーに説明しています。
