JMP Pro 17 incorpora un cambiamento significativo nel modo in cui viene eseguita l'analisi dei dati genomici in JMP. In precedenza JMP si affidava a una connessione backend a SAS per eseguire l'importazione e i calcoli dei dati primari utilizzando finestre di dialogo dell'interfaccia utente personalizzate e dashboard di output in JMP. La nuova versione consente di svolgere questo lavoro direttamente in JMP Pro e non utilizza più SAS o personalizzazioni aggiuntive. L’illustre ricercatore Russ Wolfinger ( @russ_wolfinger ) afferma: “Questo cambiamento radicale consentirà di razionalizzare e perfezionare molti flussi di lavoro di analisi genomica. Anche se resta ancora molto lavoro da fare, l’offerta iniziale è molto potente e offre molte funzionalità chiave”. Russ ci offre uno sguardo a questi entusiasmanti cambiamenti nell'analisi dei dati genomici.
Quali problemi risolvono i cambiamenti per i nostri utenti?
Il nuovo framework si basa direttamente sull'interfaccia standard di JMP, rendendo molti passaggi molto più familiari e semplici per coloro che conoscono JMP. Inoltre, una nuova guida, Analisi genomica con JMP Pro , assisterà gli utenti che lavorano con questi tipi di dati e analisi.
Puoi fornire un esempio di come potrebbe essere l'esperienza per un utente JMP?
I punti di partenza tipici sono File > Apri per i dati in un singolo file o File > Importa più file per i dati di più file. Molti formati comuni come vcf, bed, gff e IDAT vengono rilevati automaticamente. Le routine di importazione creano in genere una tabella JMP in formato “ampio”, con campioni come righe e geni come colonne, e questa tabella ampia è pronta per essere utilizzata in molte piattaforme JMP Pro, a seconda degli obiettivi di analisi.
Molte delle operazioni delle tabelle dati e delle piattaforme di analisi sono state ottimizzate per questi problemi di “dati estesi”, consentendo all'utente di applicare facilmente gli strumenti di analisi di JMP Pro con molte migliaia di variabili. La versione presenta inoltre tre nuove piattaforme particolarmente rilevanti: Marker Statistics, Marker Simulation e Multivariate Embedding.
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Quali sono gli impatti che ciò può avere sul lavoro degli utenti e sulle organizzazioni?
Con il nuovo lavoro chiave per migliorare le prestazioni su tabelle di grandi dimensioni, diverse routine di importazione e analisi sono ordini di grandezza più veloci. I risultati di ogni passaggio sono molto più immediati, consentendo un'interpretazione più pronta e possibilità di tornare sui propri passi, confronti affiancati e una rapida convergenza verso scoperte e conclusioni importanti.
Cosa pensi che sorprenderà o delizierà gli utenti riguardo a questo?
Molti utenti rimarranno sorpresi dalla velocità e dalla potenza dell'analisi dettagliata dei dati genomici all'interno del nuovo framework JMP Pro. Abbiamo anche creato un libro online complementare, Genomic Analysis with JMP Pro , per guidare gli utenti nell'applicazione di JMP Pro a questo tipo di problemi.
