JMP Pro 17 incorpora un cambiamento significativo nel modo in cui l'analisi dei dati genomici viene eseguita in JMP. In precedenza, JMP faceva affidamento su una connessione back-end a SAS per eseguire l'importazione e i calcoli dei dati primari utilizzando finestre di dialogo dell'interfaccia utente personalizzate e dashboard di output in JMP. La nuova versione consente di eseguire questo lavoro direttamente in JMP Pro e non utilizza più SAS o personalizzazioni aggiuntive. Illustre ricercatore Russ Wolfinger ( @russ_wolfinger ) afferma: “Questo cambiamento radicale consentirà di razionalizzare e perfezionare molti flussi di lavoro di analisi genomica. Anche se resta ancora molto lavoro, l'offerta iniziale è molto potente e offre molte funzionalità chiave". Russ ci offre uno sguardo a questi entusiasmanti cambiamenti nell'analisi dei dati genomici.
Quali problemi risolvono le modifiche per i nostri utenti?
Il nuovo framework si basa direttamente sull'interfaccia standard di JMP, rendendo molti passaggi molto più familiari e diretti per coloro che conoscono JMP. Inoltre, una nuova guida, Analisi genomica con JMP Pro, assisterà gli utenti che lavorano con questi tipi di dati e analisi. La guida è prevista per il rilascio a breve.
Puoi fare un esempio di come potrebbe essere l'esperienza per un utente JMP?
I punti di partenza tipici sono File > Apri per dati in un singolo file o File > Importa più file per dati da più file. Molti formati comuni come vcf, bed, gff e IDAT vengono rilevati automaticamente. Le routine di importazione in genere creano una tabella JMP in forma "ampia", con campioni come righe e geni come colonne, e questa tabella ampia è pronta per l'uso in molte piattaforme JMP Pro, a seconda degli obiettivi dell'analisi.
Molte delle operazioni sulle tabelle di dati e delle piattaforme di analisi sono state ottimizzate per questi problemi di "dati ampi", consentendo all'utente di applicare facilmente gli strumenti di analisi di JMP Pro con molte migliaia di variabili. La versione include anche tre nuove piattaforme particolarmente rilevanti: Marker Statistics, Marker Simulation e Multivariate Embedding.
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![GeneticAnalysis_3[2].png](https://us.v-cdn.net/6038925/uploads/images/46589iD2F23898A3EDDF65/GeneticAnalysis_3%5B2%5D.png "GeneticAnalysis_3[2].png")
Quali sono gli impatti che questo può avere sul lavoro degli utenti e sulle organizzazioni?
Con il nuovo lavoro chiave per migliorare le prestazioni su tabelle di grandi dimensioni, diverse routine di importazione e analisi sono ordini di grandezza più veloci. I risultati di ogni fase sono molto più immediati, consentendo un'interpretazione più pronta e possibilità di tornare indietro, confronti fianco a fianco e una rapida convergenza a scoperte e conclusioni importanti.
Cosa pensi che sorprenderà o delizierà gli utenti di questo?
Molti utenti rimarranno sorpresi di quanto sia veloce e potente l'analisi dell'analisi dettagliata dei dati genomici all'interno del nuovo framework JMP Pro. Abbiamo anche creato un libro online di accompagnamento, Analisi genomica con JMP Pro, per guidare gli utenti nell'applicazione di JMP Pro a questi tipi di problemi.
