JMP Pro 17 beinhaltet eine wesentliche Änderung bei der Durchführung der Genomdatenanalyse in JMP. Bisher war JMP auf eine Backend-Verbindung zu SAS angewiesen, um Primärdatenimporte und Berechnungen mithilfe benutzerdefinierter Benutzeroberflächendialoge und Ausgabe-Dashboards in JMP durchzuführen. Mit der neuen Version können Sie diese Arbeit direkt in JMP Pro erledigen und verwenden weder SAS noch zusätzliche Anpassungen mehr. Der angesehene Forschungsstipendiat Russ Wolfinger ( @russ_wolfinger ) sagt: „Diese dramatische Änderung wird eine Rationalisierung und Verfeinerung vieler Arbeitsabläufe in der Genomanalyse ermöglichen. Auch wenn noch viel zu tun bleibt, ist das erste Angebot sehr leistungsstark und bietet viele Schlüsselfunktionen.“ Russ gibt uns einen Einblick in diese spannenden Veränderungen in der Genomdatenanalyse.
Welche Probleme lösen die Änderungen für unsere Nutzer?
Das neue Framework basiert direkt auf der Standard-JMP-Schnittstelle, wodurch viele Schritte für diejenigen, die JMP kennen, viel vertrauter und einfacher sind. Darüber hinaus wird ein neuer Leitfaden, Genomic Analysis with JMP Pro , Benutzer unterstützen, die mit dieser Art von Daten und Analysen arbeiten.
Können Sie ein Beispiel dafür geben, wie die Erfahrung für einen JMP-Benutzer sein könnte?
Die typischen Ausgangspunkte sind „Datei“ > „Öffnen“ für Daten in einer einzelnen Datei oder „Datei“ > „Mehrere Dateien importieren“ für Daten aus mehreren Dateien. Viele gängige Formate wie vcf, bed, gff und IDAT werden automatisch erkannt. Die Importroutinen erstellen normalerweise eine JMP-Tabelle in „breiter“ Form mit Proben als Zeilen und Genen als Spalten. Diese breite Tabelle kann je nach Analyseziel auf vielen JMP Pro-Plattformen verwendet werden.
Viele der Datentabellenoperationen und Analyseplattformen wurden für diese „großen Daten“-Probleme optimiert, sodass der Benutzer die Analysetools von JMP Pro problemlos mit vielen tausend Variablen anwenden kann. Die Veröffentlichung enthält außerdem drei neue Plattformen, die besonders relevant sind: Marker Statistics, Marker Simulation und Multivariate Embedding.
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Welche Auswirkungen kann dies auf die Arbeit der Benutzer und auf Organisationen haben?
Durch wichtige neue Arbeiten zur Verbesserung der Leistung bei großen, breiten Tabellen sind mehrere Importroutinen und Analysen um Größenordnungen schneller. Die Ergebnisse jedes Schritts sind viel unmittelbarer und ermöglichen eine leichtere Interpretation und Möglichkeiten für Rückverfolgungen, direkte Vergleiche und eine schnelle Konvergenz zu wichtigen Entdeckungen und Schlussfolgerungen.
Was wird Ihrer Meinung nach die Benutzer daran überraschen oder begeistern?
Viele Benutzer werden überrascht sein, wie schnell und leistungsstark die Analyse detaillierter Genomdaten innerhalb des neuen JMP Pro-Frameworks ist. Wir haben außerdem ein begleitendes Online-Buch mit dem Titel „Genomic Analysis with JMP Pro“ erstellt, um Benutzer durch die Anwendung von JMP Pro auf diese Art von Problemen zu führen.
