JMP Pro 17 enthält eine wesentliche Änderung bei der Durchführung der Genomdatenanalyse in JMP. Früher verließ sich JMP auf eine Backend-Verbindung zu SAS, um primäre Datenimporte und -berechnungen mit benutzerdefinierten Benutzeroberflächendialogen und Ausgabe-Dashboards in JMP durchzuführen. Die neue Version ermöglicht es Ihnen, diese Arbeit direkt in JMP Pro zu erledigen und verwendet kein SAS oder zusätzliche Anpassungen mehr. Distinguished Research Fellow Russ Wolfinger ( @russ_wolfinger ) sagt: „Diese dramatische Änderung wird die Rationalisierung und Verfeinerung vieler Genomanalyse-Workflows ermöglichen. Obwohl noch viel Arbeit bleibt, ist das ursprüngliche Angebot sehr leistungsfähig und bietet viele Schlüsselfunktionen.“ Russ gibt uns einen Einblick in diese aufregenden Veränderungen in der Genomdatenanalyse.
Welche Probleme lösen die Änderungen für unsere Nutzer?
Das neue Framework stützt sich direkt auf die Standard-JMP-Schnittstelle, wodurch viele Schritte für diejenigen, die JMP kennen, viel vertrauter und unkomplizierter werden. Darüber hinaus unterstützt ein neues Handbuch, Genomic Analysis with JMP Pro, Benutzer, die mit diesen Arten von Daten und Analysen arbeiten. Die Veröffentlichung des Leitfadens ist in Kürze geplant.
Können Sie ein Beispiel dafür geben, wie die Erfahrung für einen JMP-Benutzer sein könnte?
Die typischen Ausgangspunkte sind Datei > Öffnen für Daten in einer einzelnen Datei oder Datei > Mehrere Dateien importieren für Daten aus mehreren Dateien. Viele gängige Formate wie vcf, bed, gff und IDAT werden automatisch erkannt. Die Importroutinen erstellen normalerweise eine JMP-Tabelle in „breiter“ Form, mit Proben als Zeilen und Genen als Spalten, und diese breite Tabelle kann je nach Analyseziel auf vielen JMP Pro-Plattformen verwendet werden.
Viele der Datentabellenoperationen und Analyseplattformen wurden für diese „Wide Data“-Probleme optimiert, sodass der Benutzer die Analysetools von JMP Pro mit vielen tausend Variablen problemlos anwenden kann. Die Version enthält auch drei neue Plattformen, die besonders relevant sind: Marker Statistics, Marker Simulation und Multivariate Embedding.
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Welche Auswirkungen kann dies auf die Arbeit der Benutzer und auf Organisationen haben?
Mit wichtigen neuen Arbeiten zur Verbesserung der Leistung bei großen, breiten Tabellen sind mehrere Importroutinen und Analysen um Größenordnungen schneller. Die Ergebnisse aus jedem Schritt sind viel unmittelbarer und ermöglichen eine einfachere Interpretation und Möglichkeiten für die Rückverfolgung, direkte Vergleiche und eine schnelle Konvergenz zu wichtigen Entdeckungen und Schlussfolgerungen.
Was wird die Benutzer Ihrer Meinung nach überraschen oder erfreuen?
Viele Benutzer werden überrascht sein, wie schnell und leistungsfähig die Analyse detaillierter genomischer Daten innerhalb des neuen JMP Pro-Frameworks ist. Wir haben auch ein begleitendes Online-Buch, Genomische Analyse mit JMP Pro, erstellt, um Benutzer durch die Anwendung von JMP Pro auf diese Art von Problemen zu führen.
