JMP Pro 17 intègre un changement significatif dans la manière dont l'analyse des données génomiques est effectuée dans JMP. JMP s'appuyait auparavant sur une connexion backend à SAS pour effectuer l'importation de données primaires et les calculs à l'aide de boîtes de dialogue d'interface utilisateur personnalisées et de tableaux de bord de sortie dans JMP. La nouvelle version vous permet d'effectuer ce travail directement dans JMP Pro et n'utilise plus SAS ni de personnalisations supplémentaires. Le chercheur émérite Russ Wolfinger ( @russ_wolfinger ) déclare : « Ce changement radical permettra de rationaliser et d'affiner de nombreux flux de travail d'analyse génomique. Même s’il reste encore beaucoup de travail à faire, l’offre initiale est très puissante et offre de nombreuses fonctionnalités clés. » Russ nous donne un aperçu de ces changements passionnants dans l'analyse des données génomiques.
Quels problèmes les changements résolvent-ils pour nos utilisateurs ?
Le nouveau framework s'appuie directement sur l'interface JMP standard, ce qui rend de nombreuses étapes beaucoup plus familières et simples pour ceux qui connaissent JMP. De plus, un nouveau guide, Genomic Analysis with JMP Pro , aidera les utilisateurs qui travaillent avec ce type de données et d'analyses.
Pouvez-vous donner un exemple de ce que pourrait être l'expérience pour un utilisateur JMP ?
Les points de départ typiques sont Fichier > Ouvrir pour les données d'un seul fichier ou Fichier > Importer plusieurs fichiers pour les données de plusieurs fichiers. De nombreux formats courants tels que vcf, bed, gff et IDAT sont automatiquement détectés. Les routines d'importation créent généralement une table JMP sous forme « large », avec des échantillons sous forme de lignes et de gènes sous forme de colonnes, et cette table large est prête à être utilisée sur de nombreuses plates-formes JMP Pro, en fonction des objectifs d'analyse.
De nombreuses opérations sur les tables de données et plates-formes d'analyse ont été optimisées pour ces problèmes de « données étendues », permettant à l'utilisateur d'appliquer facilement les outils d'analyse de JMP Pro avec plusieurs milliers de variables. La version propose également trois nouvelles plateformes particulièrement pertinentes : les statistiques de marqueurs, la simulation de marqueurs et l'intégration multivariée.
![GeneticAnalysis_25[1].png](https://us.v-cdn.net/6038925/uploads/images/46588i2C432422A0522371/GeneticAnalysis_25%5B1%5D.png "GeneticAnalysis_25[1].png")
![GeneticAnalysis_3[2].png](https://us.v-cdn.net/6038925/uploads/images/46589iD2F23898A3EDDF65/GeneticAnalysis_3%5B2%5D.png "GeneticAnalysis_3[2].png")
Quels sont les impacts que cela peut avoir sur le travail des utilisateurs et sur les organisations ?
Grâce à de nouveaux travaux clés visant à améliorer les performances sur les tables de grande taille, plusieurs routines et analyses d'importation sont plusieurs fois plus rapides. Les résultats de chaque étape sont beaucoup plus immédiats, permettant une interprétation plus facile et des possibilités de retour en arrière, de comparaisons côte à côte et de convergence rapide vers des découvertes et des conclusions importantes.
Selon vous, qu’est-ce qui surprendra ou ravira les utilisateurs à ce sujet ?
De nombreux utilisateurs seront surpris de la rapidité et de la puissance de l'analyse détaillée des données génomiques dans le nouveau framework JMP Pro. Nous avons également créé un livre en ligne complémentaire, Genomic Analysis with JMP Pro , pour guider les utilisateurs dans l'application de JMP Pro à ces types de problèmes.
