JMP Pro 17 intègre une modification significative de la manière dont l'analyse des données génomiques est effectuée dans JMP. JMP s'appuyait auparavant sur une connexion backend à SAS pour effectuer l'importation de données primaires et les calculs à l'aide de boîtes de dialogue d'interface utilisateur personnalisées et de tableaux de bord de sortie dans JMP. La nouvelle version vous permet d'effectuer ce travail directement dans JMP Pro et n'utilise plus SAS ni de personnalisations supplémentaires. Chercheur émérite Russ Wolfinger ( @russ_wolfinger ) déclare : « Ce changement radical permettra de rationaliser et d'affiner de nombreux workflows d'analyse génomique. Bien qu'il reste encore beaucoup de travail, l'offre initiale est très puissante et offre de nombreuses fonctionnalités clés. Russ nous donne un aperçu de ces changements passionnants dans l'analyse des données génomiques.
Quels problèmes les changements résolvent-ils pour nos utilisateurs ?
La nouvelle infrastructure s'appuie directement sur l'interface JMP standard, ce qui rend de nombreuses étapes beaucoup plus familières et simples pour ceux qui connaissent JMP. De plus, un nouveau guide, Analyse génomique avec JMP Pro, aidera les utilisateurs qui travaillent avec ces types de données et d'analyses. Le guide devrait sortir prochainement.
Pouvez-vous donner un exemple de ce que pourrait être l'expérience d'un utilisateur JMP ?
Les points de départ typiques sont Fichier > Ouvrir pour les données d'un seul fichier ou Fichier > Importer plusieurs fichiers pour les données de plusieurs fichiers. De nombreux formats courants tels que vcf, bed, gff et IDAT sont automatiquement détectés. Les routines d'importation créent généralement un tableau JMP sous forme « large », avec des échantillons sous forme de lignes et des gènes sous forme de colonnes, et ce tableau large est prêt à être utilisé sur de nombreuses plates-formes JMP Pro, en fonction des objectifs d'analyse.
De nombreuses opérations de table de données et plates-formes d'analyse ont été optimisées pour ces problèmes de « données étendues », permettant à l'utilisateur d'appliquer facilement les outils d'analyse de JMP Pro avec plusieurs milliers de variables. La version comprend également trois nouvelles plates-formes particulièrement pertinentes : Marker Statistics, Marker Simulation et Multivariate Embedding.
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![GeneticAnalysis_3[2].png](https://us.v-cdn.net/6038925/uploads/images/46589iD2F23898A3EDDF65/GeneticAnalysis_3%5B2%5D.png "GeneticAnalysis_3[2].png")
Quels sont les impacts que cela peut avoir sur le travail des utilisateurs et sur les organisations ?
Avec de nouveaux travaux clés pour améliorer les performances sur les grandes tables larges, plusieurs routines d'importation et analyses sont des ordres de grandeur plus rapides. Les résultats de chaque étape sont beaucoup plus immédiats, permettant une interprétation plus facile et des possibilités de retour en arrière, des comparaisons côte à côte et une convergence rapide vers des découvertes et des conclusions importantes.
Selon vous, qu'est-ce qui va surprendre ou ravir les utilisateurs à ce sujet ?
De nombreux utilisateurs seront surpris de la rapidité et de la puissance de l'analyse des données génomiques détaillées dans le nouveau cadre JMP Pro. Nous avons également créé un livre en ligne complémentaire, Analyse génomique avec JMP Pro, pour guider les utilisateurs dans l'application de JMP Pro à ces types de problèmes.
