转化转录组大家好，
我正在尝试使用 JMP（14.0 或 14.2）来分析珊瑚转录组：12 个样本 x 390,000 个基因（=12 行 x 390,000 列）。 现在，做最简单的任务几乎可以让我的 8-GB RAM Macbook Air 崩溃，所以我想看看是否有更简单的方法来标准化我的数据。 换句话说，我想将我的 390,000 个基因的原始数据转换为 z 分数（sample-mean/std.dev.）。 对于较小的数据集，我可以选择我想要标准化的列，然后使用“公式列”并选择“标准化”。 这将使用标准化数据构建新列（这是 JMP BTW 的一个重要功能）。 但是，在 JMP 崩溃之前，我一次只能处理几百列，这意味着手动标准化我的转录组可能需要几天时间！ 谁能想到一种更简单的方法来转换如此庞大的数据集？ 我可以在 Excel 中执行此操作，但我正在尝试仅在 JMP 中执行此操作。
PS：我知道在为任何分析测试/算法选择列（例如，为 PCA 选择列）时，可以在分析之前对数据进行标准化，但这也会使 JMP 崩溃！
回复：转化转录组你好@abmayfield
JMP Genomics 主要用于对组装转录组产生的计数进行统计分析。 您可以在 JMP Genomics 中进行标准化或使用现有的标准化计数。
克里斯
回复：转化转录组好的！ 因为在 10,000 列左右的集合中转换一个转录组（正如我目前所做的那样）实际上需要花费我数周的时间。
JMP Genomics 是否进行任何形式的组装，还是主要用于在 Trinity、RSEM 和其他此类程序生成 FPKM（或其他表达）数据后分析组装的转录组？
回复：转化转录组你好@abmayfield ,
- JMP Genomics 不会对 contig 或序列进行任何比对，因此您仍然必须使用 BLAST 之类的网络资源
- 转换整个基因组（比如你提到的 log2）是很有可能的，因为它不是基于内存的，而是基于文件的。 我有一台具有四核处理器和 32 GB RAM 的笔记本电脑，但 RAM 真的很重要，因为一切都在硬盘驱动器上完成（我有 512 GB SSD 驱动器，但这也不是一个速度因素主板的 I/O 和连接的设备）。
希望有帮助，
克里斯
回复：转化转录组我还有两个关于 JMP Genomics 的问题可能会帮助人们考虑购买的想法：
1) JMP Genomics 是否有内部方法对 contigs 进行 BLASTing，以便可以在合理的时间（天）内将热门信息合并到 JMP 格式的表格中？ 或者是否需要在 JMP Genomics 之外进行任何类型的同源性搜索？
2) JMP Genomics 能否在具有 8-16 GB RAM 的普通笔记本电脑上转换整个转录组（log2 或其他）？ 正如我在最初的查询中提到的，转换 300,000 列的数据实际上会削弱常规 JMP！ 如果我的转录组项目仍然需要专用的生物信息学服务器，那没关系；我只想看看我自己的个人笔记本电脑能做多少。
谢谢，
安德森
回复：转化转录组伟大的！ 我认为我们的预算将允许我们在 2019 年购买许可证。 尽管我可能应该学习脚本以及如何从 Python、R 等语言中进行所有这些类型的生物信息学分析， 我只是太忙了，想把它留给专业人士。 因此，这种用户友好的生物信息学方法似乎正合我意。
回复：转化转录组@abmayfield加一点@Chris_Kirchberg上面的回复，以下是 jmp.com 上列出的 JMP Genomics 系统要求的完整列表：
https://www.jmp.com/en_us/support/system-requirements.html#jmp-gc
回复：转化转录组你好@abmayfield ,
1) 是的，它可以在具有 8 到 16 GB RAM 的基于 Windows 的操作系统上运行
2) 是的，它目前与 JMP 13 一起提供，它是 JMP Genomics 的一个组成部分。 如果您正在利用 JMP 13 中不存在的 JMP 14 功能，那么您将需要两者并且它们不会相互交互（它们安装在 Program Files 文件夹中的不同位置）。
希望有帮助。
回复：转化转录组伟大的！ 我会更详细地研究它。 我确实有一个关于 JMP Genomics 的快速问题，其他人可能也有兴趣知道：
1. 它可以在具有 8-16 GB RAM 的标准个人笔记本电脑上运行，还是大多数人都有专门的工作计算机来运行它？
2. 它是否具有标准 JMP 的所有功能（用于非基因组分析），还是我需要标准 JMP 和 JMP Genomics 来进行标准统计分析和生物信息学研究？
谢谢。
回复：转化转录组@abmayfield ：是的，我确实记得我们最初关于 PLS 和判别分析的对话。 和@Chris_Kirchberg也在这里做出贡献……他是我们所有这些类型主题的内部专家，也是 JMP 生命科学应用的 SME，JMP Genomics 就是其中之一。 因此，您在这方面掌握得很好，特别是如果您能找到 JMP Genomics 的所有资源……听起来它的功能与您的特定用例相比，与 JMP Pro 的相关性要高得多。
回复：转化转录组彼得，
谢谢您的答复。 事实上，是您让我想到使用 PLS（和一般的 JMP）来分析我的转录组数据。 当使用 JMP 标准（我没有 Pro）时，正如您所提到的，您可以在判别分析 (DA) 选项下对转录组数据集使用“宽”选项（这是 PLS 的一种分类版本，对吧？ ）。 DA 的好处是它可以选择首先进行标准化。 所以，对于 DA/PLS，我已经准备好了。
此外，对于其他有兴趣尝试此操作的读者，PCA、层次聚类，甚至 MDS 都可以使用标准 JMP 在相对较短的时间内（分别为分钟-小时、秒和秒）完成，并具有巨大的转录组数据集）。 这让我相信 JMP 在默认情况下会进行某种奇异值分解，至少对于后两种方法而言，这样做太快了，无法考虑数据矩阵之间的所有可能关系。 因此，最薄弱的环节是实际的标准化步骤本身。
我再试一次，看看我是否可以让 JMP 生成 390,000 个带有标准化数据的新列（到目前为止运行了两个小时）。 之后，我将看看我是否成功地在 PCA、层次聚类和 MDS 平台内进行标准化，同时使用奇异值分解（如果可用）。 我开始怀疑标准化是否会对 390,000 个基因产生巨大影响。 一些高表达基因的影响可能不会对如此庞大的数据集产生太大的影响（尽管我可能错了）。
回复：转化转录组它确实进行基因集富集分析，但不进行网络分析，如 iPathway Guide、Ingenuity Pathway Analysis 或其他此类软件。
需要注意的一点是，它确实做了部分相关图，这是一个基于数据相关性的网络状图。 有关详细信息，请参阅此链接：
https://www.jmp.com/support/downloads/JMPG90_documentation/wwhelp/wwhimpl/js/html/wwhelp.htm#href=PR_L_PD_0008.html
如果您需要某种关于 JMP Genomics 成本的想法，它与 JMP Pro 相同。 如果您能够将其纳入计算机预算，那应该会有所帮助。 如果您需要一个确切的号码（并且还没有），您当地的销售人员可以为您获取。
回复：转化转录组Thos JMP Genomics 图形看起来很漂亮，支持的分析类型（即来自 RNA-Seq 数据的差异基因表达）正是我需要做的。 它可以执行这些天风靡一时的网络分析吗？ 我正在撰写几篇以转录组数据进行网络分析的手稿，但我不知道计算是如何工作的，目前无法自行复制这些发现。 我尚未购买 JMP Pro 或 JMP Genomics 的主要原因是财务方面的，因为我是一名独立研究人员，基本上靠小额软资金资助谋生。 话虽如此，我认为我的下一笔赠款有一个“计算机”预算，我可以将其资金用于软件。
回复：转化转录组你好@abmayfield ,
另一个想法是你接下来会做什么？ 标准化数据后，你会做 PCA 吗？目的是什么？ 差异基因表达？ 聚类？ 造型？
JMP Genomics 旨在处理这些大小和类型的数据，正是因为在某些情况下，您将永远无法添加足够的内存来进行标准化甚至分析如此数量的基因。 看看这里：
https://www.jmp.com/en_us/software/genomics-data-analysis-software.html \
如果您打算做您在此链接上看到的任何事情，请告诉我，如果您愿意，我们可以进一步讨论。
最好的，
回复：转化转录组安德森：
听起来您运行的是标准 JMP 而不是 JMP Pro？ 我问的原因是因为在一般 JMP 设计意义上，对于许多平台（PCA 就是其中之一），JMP 开发人员在平台的规范窗口中包含了“宽”或“稀疏”类型选项。 这些选项使用计算效率更高的技术来处理您的数据，这些数据可能不会使您的计算机崩溃，但仍能为您提供所需的见解？ 因此，也许，只是也许，您可以使用平台内的这些选项以分析的方式完成您想要的（不一定是标准化的）？
以下是有关 PCA 平台的更多详细信息：
https://www.jmp.com/support/help/14-1/estimation-methods-2.shtml#315271
