einfache Zufallsstichproben von SpaltenHallo,
Ich weiß, wie man mit JMP ein SRS mit Zeilen, aber nicht mit Spalten erstellt. Ich habe 118.000 Spalten als Teil eines Transkriptoms und möchte die Standardabweichung über alle Gene (dh über Zeilen hinweg) berechnen. Andernfalls stürzt JMP auf einem MacBook Air mit 8 GB RAM ab. Daher frage ich mich, ob ich einfach Gruppen von 5.000 oder 10.000 Genen auswählen und eine Standardabweichung für sie berechnen kann. Dann kann ich die mittlere Standardabweichung mehrerer SRSs nehmen (jede Spalte ist ein einzigartiges Gen). Wenn ich die Tabelle dorthin transponiere, wo sich die Gene in den Zeilen befinden, führt der Transpositionsschritt selbst zum Absturz von JMP! Irgendwelche Ideen?
PS: Ich würde die Datendatei anhängen, aber sie ist 80 MB groß!
Betreff: einfache Zufallsstichproben von SpaltenJa, ich habe versucht, eine Standardabweichung über 118.000 Spalten zu berechnen, aber JMP friert dadurch ein und ich gebe normalerweise nach ein paar Stunden auf. Vielleicht versuche ich aber, es heute Abend über Nacht laufen zu lassen.
Außerdem habe ich erfahren, dass die resultierende JMP-Tabelle über 2 GB groß und instabil ist, wenn man 118.000 Spalten für 12 Proben übereinander stapelt! Das ist seltsam, weil eine Tabelle mit 118.000 Spalten x 12 Zeilen nur 50 MB groß ist. Ich frage mich, warum eine Tabelle mit 6 Spalten x 1,5 Millionen Zeilen so viel größer ist.
Betreff: einfache Zufallsstichproben von SpaltenHerzlichen Glückwunsch zur Lösungsfindung!
Wenn Sie JMP 14 verwenden, möchten Sie möglicherweise die folgende Spaltenformel in Ihrer Tabelle ausprobieren. Da Sie sagten, dass Ihr Speicher begrenzt ist und ein Absturz möglich ist, speichern Sie zunächst alles Wichtige.
Std Dev( Current Data Table()[Row(), Index( c1, c2 )] )
Dabei ist c1 die erste Spalte und c2 die letzte, zum Beispiel 6, 118005.
Wenn es keinen Absturz gibt, würde ich die Formel entfernen.
Übrigens ist die gestapelte Tabelle wahrscheinlich effizienter für die Zusammenfassung. Ich stelle nur eine mögliche Alternative dar.
Betreff: einfache Zufallsstichproben von Spalten@abmayfield ,
Mir ist keine Möglichkeit bekannt, dies interaktiv ohne Verwendung eines Skripts zu tun.
Betreff: einfache Zufallsstichproben von SpaltenVielen Dank. Das ist genau das, was ich brauchte. Jetzt kann ich SRS von Spalten ODER Stapeldaten durchführen. Wissen Sie aus Neugier, ob dies ohne Skripting in JMP14 möglich ist? Danke,
Anderson
Betreff: einfache Zufallsstichproben von SpaltenUm meine eigene Frage zu beantworten: 118.000 Spalten KÖNNEN gestapelt werden, sodass ich die Standardabweichung aller Gene anhand meiner Behandlungsfaktoren betrachten kann. Ich werde aber auch dieses Skript zur zufälligen Spaltenauswahl ausprobieren.
Betreff: einfache Zufallsstichproben von Spalten@abmayfield ,
Wenn ich verstehe, was Sie suchen, möchten Sie die Möglichkeit haben, „n“ Spalten in einer Datentabelle zufällig auszuwählen? Versuchen Sie, sich Folgendes anzusehen:
dt = Open( "$SAMPLE_DATA/Airline Delays.jmp" );
nColumns = n Cols(dt); <BR /><BR />nSampleCols = 2;
SelCols = As List(Random Index(nColumns,nSampleCols));
dt << Select columns(SelCols);
Ich denke, dass dies die zufällige Auswahl von „n“ Spalten aus der Datentabelle ermöglicht. Jetzt können Sie die Zufallsstichprobe verwenden, um das zu tun, was Sie möchten. Bitte lassen Sie mich wissen, ob dies das ist, was Sie suchen.
