einfache Zufallsstichproben von SpaltenHallo,
Ich weiß, wie man JMP verwendet, um ein SRS mit Zeilen, aber nicht mit Spalten zu erstellen. Ich habe 118.000 Spalten als Teil eines Transkriptoms und möchte die Standardabweichung über alle Gene (dh über Zeilen) hinweg berechnen. Dies führt dazu, dass JMP auf einem Macbook Air mit 8 GB RAM abstürzt. Daher frage ich mich, ob ich einfach Gruppen von 5.000 oder 10.000 Genen auswählen und eine Standardabweichung über sie berechnen kann. Dann kann ich die mittlere Standardabweichung mehrerer SRSs nehmen (jede Spalte ist ein einzigartiges Gen.). Wenn ich die Tabelle dahin transponiere, wo sich die Gene in den Zeilen befinden, führt der Transpositionsschritt selbst zum Absturz von JMP! Irgendwelche Ideen?
PS: Ich würde die Datendatei anhängen, aber sie ist 80 MB groß!
Betreff: einfache Zufallsstichproben von SpaltenJa, ich habe versucht, eine Standardabweichung über 118.000 Spalten zu berechnen, aber es friert JMP ein, und ich gebe normalerweise nach ein paar Stunden auf. Ich kann aber versuchen, es heute Nacht über Nacht laufen zu lassen.
Außerdem habe ich gelernt, dass, wenn Sie 118000 Spalten für 12 Proben übereinander stapeln, die resultierende JMP-Tabelle über 2 GB groß und instabil ist! Das ist seltsam, weil eine Tabelle mit 118000 Spalten x 12 Zeilen nur 50 MB groß ist. Ich frage mich, warum eine Tabelle mit 6 Spalten x 1,5 Millionen Zeilen so viel größer ist?
Betreff: einfache Zufallsstichproben von SpaltenHerzlichen Glückwunsch zum Finden einer Lösung!
Wenn Sie JMP 14 verwenden, sollten Sie die folgende Spaltenformel in Ihrer Tabelle ausprobieren. Da Sie gesagt haben, dass Sie nur über begrenzten Speicher verfügen und ein Absturz möglich ist, speichern Sie zuerst alles Wichtige.
Std Dev( Current Data Table()[Row(), Index( c1, c2 )] )
wobei c1 die erste Spalte und c2 die letzte ist, zum Beispiel 6, 118005.
Wenn es keinen Absturz gibt, würde ich die Formel entfernen.
Übrigens ist die gestapelte Tabelle wahrscheinlich effizienter für die Zusammenfassung. Stellt nur eine mögliche Alternative dar.
Betreff: einfache Zufallsstichproben von Spalten@abmayfield ,
Mir ist keine Möglichkeit bekannt, dies interaktiv ohne Verwendung eines Skripts zu tun.
Betreff: einfache Zufallsstichproben von SpaltenVielen Dank. Das ist genau das, was ich brauchte. Jetzt kann ich SRS von Spalten ODER Daten stapeln. Nur aus Neugier, wissen Sie, ob dies OHNE Skripting in JMP14 ausfallen kann? Vielen Dank,
Anderson
Betreff: einfache Zufallsstichproben von SpaltenUm meine eigene Frage zu beantworten, KÖNNEN 118.000 Spalten gestapelt werden, was es mir ermöglicht, die Standardabweichung über alle Gene durch meine Behandlungsfaktoren zu betrachten. Aber ich werde auch dieses Skript für die zufällige Spaltenauswahl ausprobieren.
Betreff: einfache Zufallsstichproben von Spalten@abmayfield ,
Wenn ich verstehe, wonach Sie suchen, möchten Sie die Möglichkeit haben, "n" Spalten in einer Datentabelle zufällig auszuwählen? Versuchen Sie, sich das anzusehen:
dt = Open( "$SAMPLE_DATA/Airline Delays.jmp" );
nColumns = n Cols(dt); <BR /><BR />nSampleCols = 2;
SelCols = As List(Random Index(nColumns,nSampleCols));
dt << Select columns(SelCols);
Ich denke, dies ermöglicht es, "n" Spalten aus der Datentabelle zufällig abzutasten. Jetzt können Sie die Stichprobe verwenden, um zu tun, was Sie möchten. Bitte lassen Sie mich wissen, ob Sie danach suchen.
