C42 全基因組關聯研究 (GWAS) - 伯恩山犬組織細胞肉瘤(癌症)本案例研究重點介紹如何使用 JMP Pro 17 進行組學數據分析,特別是基因型/SNP 數據。 它主要著眼於全基因組關聯研究 (GWAS) 工作流程。這種類型的分析通常由統計遺傳學家、遺傳學家和/生物學家執行,他們希望了解遺傳學/DNA 與表型/性狀/醫學狀況的關聯
該案例研究可用於 SE 為那些對分析動物研究/癌症領域的組學數據感興趣的客戶提供演示。 它的設計使您可以僅顯示客戶要求的功能(使用 Great Demo!方法),但也可以在分析此類數據的整個分析工作流程的上下文中顯示。 如果您嘗試演示所有功能,將花費一個多小時,因為使用了很多功能。
隨附的日誌包含輸出以及用於在每個步驟執行分析的腳本按鈕。 還有一些腳本按鈕也可以執行一些數據操作任務。
什麼是可用的
- 介紹工作流程、科學/研究問題和使用的數據集的期刊
- 包含每個分析的日誌、文件、表格和輸出/報告的項目
- 數據集所以你可以自己做
為什麼這有用?
- JMP Genomics 作為產品於今年早些時候停產,因此我們需要案例研究來展示如何在 JMP Pro 17 中執行組學分析
- 它還強調了 JMP/JMP Pro 17 中針對寬數據的新增功能,尤其是在“組學數據”的背景下
- 它還旨在幫助 SE 在給定的演示和討論“omic 空間”中的功能時變得更加自給自足
- 'omic 世界中的數據分析可以是腳本/工作流導向的或探索性的。 本案例研究將側重於數據分析更具探索性的性質,而不是“自動化”或腳本類型的分析。 可以使用 JMP Pro 17 的工作流構建功能將步驟轉換為工作流。 在不久的將來,我將嘗試創建一個並將其作為概念證明附加到本案例研究中。
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