C42 全基因组关联研究 (GWAS) - 伯恩山犬组织细胞肉瘤(癌症)本案例研究重点介绍如何使用 JMP Pro 17 进行组学数据分析,特别是基因型/SNP 数据。 它主要着眼于全基因组关联研究 (GWAS) 工作流程。这种类型的分析通常由统计遗传学家、遗传学家和/生物学家执行,他们希望了解遗传学/DNA 与表型/性状/医学状况的关联
该案例研究可用于 SE 为那些对分析动物研究/癌症领域的组学数据感兴趣的客户提供演示。 它的设计使您可以仅显示客户要求的功能(使用 Great Demo!方法),但也可以在分析此类数据的整个分析工作流程的上下文中显示。 如果您尝试演示所有功能,将花费一个多小时,因为使用了很多功能。
随附的日志包含输出以及用于在每个步骤执行分析的脚本按钮。 还有一些脚本按钮也可以执行一些数据操作任务。
什么是可用的
- 介绍工作流程、科学/研究问题和使用的数据集的期刊
- 包含每个分析的日志、文件、表格和输出/报告的项目
- 数据集所以你可以自己做
为什么这有用?
- JMP Genomics 作为产品于今年早些时候停产,因此我们需要案例研究来展示如何在 JMP Pro 17 中执行组学分析
- 它还强调了 JMP/JMP Pro 17 中针对宽数据的新增功能,尤其是在“组学数据”的背景下
- 它还旨在帮助 SE 在给定的演示和讨论“omic 空间”中的功能时变得更加自给自足
- 'omic 世界中的数据分析可以是脚本/工作流导向的或探索性的。 本案例研究将侧重于数据分析更具探索性的性质,而不是“自动化”或脚本类型的分析。 可以使用 JMP Pro 17 的工作流构建功能将步骤转换为工作流。 在不久的将来,我将尝试创建一个并将其作为概念证明附加到本案例研究中。
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