C42 全基因组关联研究 (GWAS) - 伯恩山犬组织细胞肉瘤(癌症)本案例研究的重点是如何使用 JMP Pro 17 进行组学数据分析,特别是基因型/SNP 数据。 它主要着眼于全基因组关联研究 (GWAS) 工作流程。这种类型的分析通常由统计遗传学家、遗传学家和/生物学家执行,以了解遗传学/DNA与表型/性状/医学状况的关联
本案例研究可用于由 SE 为有兴趣分析“动物研究/癌症领域的组学数据”的客户提供演示。 它的设计使您可以仅显示客户要求的功能(使用 Great Demo!方法),而且还可以在分析此类数据的整个分析工作流的上下文中显示。 如果您确实尝试演示所有功能,则需要一个多小时,因为使用了许多功能。
包含的日志包含输出以及脚本按钮,用于在每个步骤中执行分析。 还有一些脚本按钮也可以执行一些数据操作任务。
还使用了维恩图加载项
有什么可用的
- 介绍工作流程、科学/研究问题和使用的数据集的期刊
- 包含每个分析的日志、文件、表格和输出/报告的项目
- 数据集,你可以自己做
为什么这很有用?
- JMP Genomics 作为产品已于今年早些时候停产,因此我们需要案例研究来展示如何在 JMP Pro 17 中执行“组学分析”
- 它还强调了 JMP/JMP Pro 17 中针对宽数据的新功能,尤其是在“组学数据”的背景下
- 它还旨在帮助 SE 在给定的演示中变得更加自给自足,并讨论“组学空间”中的功能
- “组学”世界中的数据分析本质上可以是脚本化的/工作流导向的或探索性的。 本案例研究将侧重于数据分析的更具探索性的性质,而不是“自动化”或脚本类型分析。 可以使用 JMP Pro 17 的工作流构建功能将这些步骤转换为工作流。 在不久的将来,我将尝试创建一个并将其附加到此案例研究中,作为概念证明。
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