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mélange de remplissage d'espace conception DoE pour milieux de culture cellulaire

J'utilise JMP 15.2 et je ne voyais pas par où commencer la conception du mélange de remplissage d'espace. Que ce soit à partir d'une conception de mélange classique ou d'une conception personnalisée, je ne voyais pas par où commencer une conception de mélange remplissant l'espace

2. J'ai obtenu des données sur le rendement en anticorps. Je me demande comment puis-je mettre ces données dans JMP pour effectuer une analyse. Les données sont comme ci-dessous

 

 

Conception d'expériencesRe : conception DoE de mélange de remplissage d'espace pour les milieux de culture cellulaire

Je suis vraiment en retard pour cette discussion, donc je ne veux pas la dévier, mais si vous êtes vraiment dans le monde de la conception de mélanges de remplissage d'espace (ce qui signifie que vous comprenez parfaitement les effets du bruit à court et à long terme et que le processus est cohérente), l'analyse devrait être moins statistique et plus graphique. L'analyse de telles conceptions devrait être des tracés de contour et des tracés de réponse de surface. Vous devriez déjà connaître la signification statistique grâce à des expériences précédentes.

En outre, vous voudrez peut-être lire des livres / articles concernant les conceptions de mélanges et la raison pour laquelle celles-ci sont généralement analysées sans l'interception. Voir le livre de Cornell.

 

Le manque d'ajustement est le résultat de la suppression de termes du modèle (par opposition à l'erreur pure qui est le résultat de répétitions aléatoires).

 

Re : conception DoE de mélange de remplissage d'espace pour les milieux de culture cellulaire

Salut, louv, merci beaucoup pour votre temps. J'ai beaucoup appris.

Je suis désolé d'avoir une question de suivi. J'essayais de trouver une analyse du manque d'ajustement et je ne l'ai pas vu. Je me demande s'il est possible de faire une analyse du manque d'ajustement pour la conception du mélange. Comme je le sais, il y a un manque d'ajustement lorsqu'il y a des répliques.

Merci

Re : conception DoE de mélange de remplissage d'espace pour les milieux de culture cellulaire

Pour ajouter un peu aux conseils fournis par @louv pour vérifier l'utilité d'un modèle, en plus d'une vérification empirique supplémentaire, je m'arrêterais un instant et examinerais les effets du point de vue des premiers principes ou des connaissances a priori. À l'époque, je demandais aux scientifiques et aux ingénieurs avec qui j'ai travaillé quelque chose comme : « Si le modèle suggère que l'eau monte, je pense que le modèle est suspect et nous voudrons peut-être faire une pause avant de le divertir comme une forme de nouvel apprentissage ou 'preuve'." Et surtout dans le cas de la connaissance a priori, la « connaissance » est-elle factuelle et dérivée des données ou simplement le mythe de la fabrication urbaine transmis à travers les âges parce que quelqu'un a vu quelque chose, il y a des années, mais personne ne se souvient exactement des circonstances ou du contexte ? J'ai vu de nombreuses études du DOE briser ces mythes de fabrication urbaine. Bonne chasse.

Re : conception DoE de mélange de remplissage d'espace pour les milieux de culture cellulaire

Le modèle que j'ai scénarisé comprend des interactions bidirectionnelles. Les données que j'ai saisies étaient basées sur votre tableau de données ainsi que sur les propriétés de la colonne pour refléter vos plages de paramètres. Le R2 du modèle est amélioré avec les interactions. À mon humble avis, la meilleure façon de voir si votre modèle est utile est d'essayer de vérifier via l'expérience.

 

Re : conception DoE de mélange de remplissage d'espace pour les milieux de culture cellulaire

Salut, louv, merci beaucoup pour tes efforts. J'apprécie vraiment cela. Je suis désolé d'avoir plus de questions.

1. Sur la base de votre fichier joint, lorsque j'ai cliqué sur la boîte de dialogue DoE, il existe un tableau de données avec des données aléatoires. Je me demande si vous avez généré un espace remplissant la table de données DoE et collé mes données dans cette table de données ?

2. J'ai en fait fait de même en générant une table DoE via Classique> Conception de mélange> remplissage d'espace. Ensuite, je copie et colle simplement la date de mon Excel dans le tableau de données. Cependant, le résultat de la modélisation est différent du résultat de votre modélisation.À partir de votre modèle, lorsque je maximise la désirabilité via le profileur de prédiction, cela montre que 0,85 X1 et 0,15 X3 auront une désirabilité maximale. Cependant, à partir de mon modèle, lorsque je maximise la désirabilité via le profileur de prédiction, cela montre que 1 de X1 et 0 de X2, X3 et X4 auront une désirabilité maximale.

Je me demande pourquoi il y a une telle différence par rapport aux mêmes données?

 

BTW, que signifie "Pas d'interception" dans l'image ci-dessous ? J'ai trouvé que cocher ou décocher "Pas d'interception" fait une grande différence dans le résultat de la modélisation

 

Merci encore.

Meilleurs vœux

Re : conception DoE de mélange de remplissage d'espace pour les milieux de culture cellulaire

Voici à quoi cela ressemblerait dans JMP avec les propriétés de colonne appropriées et les corrections/manipulations mentionnées par Dan Obermiller.

Re : conception DoE de mélange de remplissage d'espace pour les milieux de culture cellulaire

Vous avez reçu plusieurs très bonnes suggestions. Comme plusieurs de ces messages l'indiquent, la quantité de travail impliquée sera supérieure à la normale puisque vous ne disposez pas du fichier JMP d'origine. JMP enregistre plusieurs éléments associés à chacune des colonnes lors de la création d'une expérience conçue. Ces éléments (appelés propriétés de colonne) faciliteront l'analyse et la feront fonctionner correctement. Le déplacement des données vers une feuille de calcul supprime ces propriétés.

 

Par exemple, j'ai remarqué que l'un de vos premiers problèmes sera qu'avec la feuille de calcul, toutes les lignes de vos pourcentages prototypes ne s'additionnent pas à 1. Ce sera le premier problème que vous devrez résoudre pour JMP. Pour que JMP analyse correctement une expérience de mélange, les composants doivent s'additionner exactement à 1. Voir les rangées 7, 8 et 9, par exemple (il y en a probablement d'autres). Vérifiez donc les arrondis dans votre feuille de calcul et assurez-vous que les quatre composants s'additionnent à 1.

Re : conception DoE de mélange de remplissage d'espace pour les milieux de culture cellulaire

Bonjour @loganshawn , et bienvenue dans JMP !

En plus des excellentes réponses ci-dessus, j'ajouterai quelques éléments intéressants liés à vos questions ou à votre situation :

1) Vous pouvez faire des conceptions de mélange à la fois dans les plates-formes "Custom Design" et "Classical" -> "Mixture Designs", mais vous n'aurez peut-être pas les mêmes options sur ces plates-formes. Vous mentionnez un design Space-Filling Mixture, donc ce type de design semble être généré à partir de la plate-forme "Classical" -> "Mixture Designs" (voir capture d'écran).

2) Vous pouvez simplement importer un fichier Excel ou un fichier PDF contenant un tableau dans JMP en cliquant sur "Fichier" -> "Ouvrir" puis choisissez votre fichier.
Comme vous n'importerez ici que les données brutes (et non la mise en forme du modèle ou des facteurs effectuée précédemment dans JMP), vous devrez ajouter des propriétés à vos 4 facteurs (clic droit sur la colonne puis "Propriétés de la colonne") : Mélange, Rôle de conception (mélange) et changements de facteur (facile ?) pour la conception de mélanges remplissant l'espace. Voir capture d'écran.
Concernant l'analyse/modélisation, vous pouvez essayer de le faire étape par étape pour vous familiariser avec les données : visualisez les résultats avec "Graph Builder", essayez de voir les relations bivariées (un facteur vs. rendement) avec "Fit Y by X ", puis essayez différentes modélisations avec "Fit Model".

Si vous travaillez avec des personnes qui n'ont pas JMP mais qui ont quand même besoin de remplir des résultats/informations sur une table DoE (Excel), je vous recommande de télécharger et d'utiliser le "Table Attributes Add-in". Ce complément vous aidera à exporter votre DoE dans Excel avec des informations sur la mise en forme des facteurs et le modèle. Ainsi, lorsque vous téléchargerez le fichier Excel terminé dans JMP, vous ne perdrez aucune information sur la façon dont le modèle a été créé et comment le facteurs ont été créés. Plus d'infos ici : JMP vers Excel et inversement.

Si vous n'êtes pas familier avec DoE, il existe de nombreuses ressources pour vous aider :
Pensée statistique pour la résolution de problèmes industriels | JMP
Kit d'introduction à la conception d'expériences | Premiers pas avec JMP
Documentation DoE, et tous les webinaires et ressources sur la communauté JMP...

Vous pouvez également essayer ce quiz JMP DoE qui peut vous aider à déterminer quel type de conception peut être adapté à vos besoins : Quiz DOE (jmp.com)

J'espère que ceci vous aidera,

 

Re : conception DoE de mélange de remplissage d'espace pour les milieux de culture cellulaire

En plus de quoi @txnelson partagé, je vais répondre à la question #2. Il semble que l'image des données que vous avez partagées se trouve dans une sorte d'application de feuille de calcul, Excel peut-être ? Il existe plusieurs workflows pour transférer les données d'une application vers JMP. Je suggérerai que la première chose que j'essaierais puisque la table de données est relativement petite est un simple glisser/copier d'en-tête de colonne, dans l'application native, de la feuille de calcul entière, puis d'ouvrir JMP et d'établir une nouvelle table de données JMP. Sur une table JMP complètement vierge, faites simplement un Edit/coller. J'espère que votre table de données JMP sera remplie, puis je vérifierai le type de données/type de modélisation JMP dans le menu des propriétés de la colonne JMP pour m'assurer que chacune des nombreuses caractéristiques est compatible avec les workflows d'analyse et de visualisation des données dans JMP. Si ce simple flux de travail copier/coller ne fonctionne pas... il existe d'autres flux de travail qui fonctionneront. Trop nombreux pour être écrits dans un forum de discussion comme celui-ci. Mon idée ci-dessus pour l'importation était simplement motivée par 'comment puis-je accomplir cette tâche avec le moins de frappes de touches ?'

 

Bienvenue sur JMP !

Re : conception DoE de mélange de remplissage d'espace pour les milieux de culture cellulaire

La première chose que je vous suggère de faire est de lire la documentation DOE dans le guide DOE disponible dans la bibliothèque de documentation JMP, sous le menu déroulant d'aide.Il y a une section sur l'augmentation du remplissage de l'espace qui devrait vous aider.

Il existe également un bon nombre d'éléments de discussion qui peuvent être examinés.Si vous recherchez les discussions pour le remplissage d'espace, vous obtiendrez de nombreuses discussions précédentes sur le sujet.