Diese Fallstudie konzentriert sich auf die Verwendung von JMP Pro 17 für die Analyse von Omic-Daten, insbesondere von Genotyp-/SNP-Daten. Es befasst sich hauptsächlich mit dem Arbeitsablauf von Genome Wide Association Studies (GWAS).Diese Art der Analyse wird in der Regel von statistischen Genetikern, Genetikern und/oder Biologen durchgeführt, die die Assoziation von Genetik/DNA mit einem Phänotyp/Merkmal/medizinischen Zustand verstehen wollen
Diese Fallstudie kann verwendet werden, um Kunden von SEs Demos für diejenigen zu geben, die an der Analyse von Omic-Daten in den Bereichen Tierforschung/Krebs interessiert sind. Es ist so konzipiert, dass Sie nur die Funktionen zeigen können, die vom Kunden angefordert werden (verwenden Sie die Great Demo!-Methode), aber auch im Kontext des gesamten Analyse-Workflows zur Analyse dieser Art von Daten. Wenn Sie versuchen, alle Funktionen zu demonstrieren, dauert dies über eine Stunde, da viele Funktionen verwendet werden.
Das enthaltene Journal enthält Ausgaben sowie Skriptschaltflächen, um die Analyse bei jedem Schritt durchzuführen. Es gibt auch Skriptschaltflächen, die auch einige Datenbearbeitungsaufgaben ausführen.
Was ist verfügbar
- Eine Zeitschrift mit einer Einführung in den Arbeitsablauf, die wissenschaftliche Fragestellung und den verwendeten Datensatz
- Ein Projekt, das das Journal, Dateien, Tabellen und Ausgaben/Berichte für jede Analyse enthält
- Den Datensatz können Sie also selbst erstellen
Warum ist das nützlich?
- JMP Genomics als Produkt wurde Anfang dieses Jahres eingestellt, daher benötigen wir Fallstudien, um zu zeigen, wie die Omic-Analyse in JMP Pro 17 durchgeführt wird
- Außerdem werden die Neuerungen in JMP/JMP Pro 17 für breite Daten hervorgehoben, insbesondere im Zusammenhang mit 'omic-Daten
- Es soll SEs außerdem dabei helfen, in gegebenen Demos selbstständiger zu werden und über Fähigkeiten im 'omic-Raum zu sprechen
- Die Datenanalyse in der 'omic-Welt kann skript-/workfloworientiert oder explorativer Natur sein. Diese Fallstudie konzentriert sich auf den eher explorativen Charakter der Datenanalyse und nicht auf die „automatisierte“ oder skriptbasierte Analyse. Man kann die Schritte mit den Workflow-Erstellungsfunktionen von JMP Pro 17 in einen Workflow umwandeln. Ich werde versuchen, eines zu erstellen und es in naher Zukunft als Machbarkeitsnachweis dieser Fallstudie beizufügen.
