Cette étude de cas se concentre sur l'utilisation de JMP Pro 17 pour l'analyse de données omiques, en particulier les données de génotype/SNP. Il examine principalement le flux de travail des études d'association à l'échelle du génome (GWAS).Ce type d'analyse est généralement effectué par des généticiens statistiques, des généticiens et/des biologistes cherchant à comprendre l'association de la génétique/ADN à un phénotype/trait/condition médicale
Cette étude de cas peut être utilisée pour donner des démonstrations aux clients par les SE pour ceux qui s'intéressent à l'analyse des données omiques dans les domaines de la recherche animale/du cancer. Il est conçu pour que vous puissiez afficher uniquement les fonctionnalités demandées par le client (utilisez la méthode Great Demo!), mais également dans le contexte de l'ensemble du flux de travail analytique d'analyse de ce type de données. Si vous essayez de faire une démonstration de toutes les fonctionnalités, cela vous prendra plus d'une heure, car de nombreuses fonctionnalités sont utilisées.
Le journal inclus contient des sorties ainsi que des boutons de script pour effectuer l'analyse à chaque étape. Il existe également des boutons de script qui effectuent également certaines tâches de manipulation de données.
Le complément Diagramme de Venn est également utilisé
Ce qui est disponible
- Un journal avec une introduction au flux de travail, à la question scientifique/recherche et à l'ensemble de données utilisé
- Un projet qui contient le journal, les fichiers, les tableaux et les sorties/rapports pour chaque analyse
- L'ensemble de données pour que vous puissiez le faire vous-même
Pourquoi est-ce utile ?
- JMP Genomics en tant que produit a été abandonné plus tôt cette année, nous avons donc besoin d'études de cas pour montrer comment effectuer une analyse omique dans JMP Pro 17
- Il met également en évidence les nouveautés de JMP/JMP Pro 17 pour les données étendues, en particulier dans le contexte des « données omiques ».
- Il est également destiné à aider les SE à devenir plus autonomes dans des démos données et à parler des capacités dans l'espace omique.
- L'analyse de données dans le monde 'omique peut être orientée script/flux de travail ou de nature exploratoire. Cette étude de cas se concentrera sur la nature plus exploratoire de l'analyse des données et non sur l'analyse de type "automatisée" ou scénarisée. Il est possible de convertir les étapes en flux de travail à l'aide des fonctionnalités de création de flux de travail de JMP Pro 17. Je vais essayer d'en créer un et de le joindre à cette étude de cas comme preuve de concept dans un proche avenir.
