¡Muchas gracias por tu pregunta! El soporte técnico de JMP está en el caso, como estoy seguro de que sabe, y espero actualizar esta publicación con información adicional para el beneficio de nuestros usuarios que frecuentan la comunidad de usuarios de JMP.
No será posible hacer coincidir exactamente la salida de JMP MDS con la salida de SAS PROC MDS. El algoritmo de JMP fue escrito independientemente de SAS. Además, las estimaciones inicial y final de PROC MDS están normalizadas por defecto. Además, queríamos señalar que en los modelos de escalado multidimensional, las estimaciones de los parámetros no se determinan de forma única. Las estimaciones se pueden transformar de varias maneras sin cambiar su 'mal ajuste'.
Algo para reflexionar: se adjunta un archivo de programa SAS creado con los datos de muestra de JMP, Distancias de vuelo. Si especifica la opción NONORM, puede ver que las estimaciones están cerca de los resultados de JMP pero con signos opuestos. Sin embargo, para MDS, la salida más importante es el Biplot. Aunque las estimaciones (o coordenadas) son diferentes, los Biplot de SAS y JMP son los mismos.
En cuanto al estadístico Stress, JMP presenta Estrés de Kruskal, Tipo I , o simplemente Estrés1. Debería estar bastante cerca de la salida de SAS (ver documentación aquí ) si la opción Fórmula se establece en 1.

¡Gracias!
Atentamente, Soporte técnico de JMP.
(Respuesta cortesía de @sseligman )