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PCA 3D -- ¿Se puede agregar jitter a los puntos? Múltiples puntos en una ubicación solo se muestran como un punto y quiero ver todos los puntos.

Hola comunidad,

 

Estoy usando JMP Genomics 10 para hacer un PCA 3D (Número de copia -> Correlación y análisis de componentes de varianza principal). Varios puntos están ubicados en el mismo lugar y se muestran como un solo punto. Sin embargo, me gustaría que sea de alguna manera evidente que hay múltiples puntos allí, ya que estoy tratando de mostrar cómo se agrupan las muestras en el mismo grupo. Solo puedo decir que un punto representa múltiples puntos si paso el mouse y aparecen las etiquetas (vea la imagen a continuación; disculpas por la mala calidad de la imagen). Nota: Estoy etiquetando cada punto de acuerdo con el Grupo al que pertenecen (Grupo 1-4).

 

Si tienes algún consejo te lo agradecería mucho! Gracias de antemano por su tiempo.

GráficosRe: 3D PCA: ¿puede agregar fluctuaciones a los puntos? Múltiples puntos en una ubicación solo se muestran como un punto y quiero ver todos los puntos.

@Chris_Kirchberg ¡Gracias por su respuesta! ¡Eso funciona!

 

Qué tengas un lindo día.

Re: 3D PCA: ¿puede agregar fluctuaciones a los puntos? Múltiples puntos en una ubicación solo se muestran como un punto y quiero ver todos los puntos.

Hay una opción Jitter debajo del Triángulo rojo junto a las palabras Scatterplot 3D, pero solo aparece cuando el tipo de datos es carácter, no numérico como las PC en su ejemplo.

 

Básicamente, tiene muestras que tienen los mismos valores para las primeras 3 PC. Podría cambiar una de las PC (como Prin3) por una PC diferente (como Prin4, si existe) y eso ayudaría a separarlas, a menos que todas tengan los mismos valores para todas las PC. Eso significaría que son muestras idénticas en cuanto a los datos recopilados que se utilizan para PVCA. Eso en sí mismo dice que son redundantes, idénticos, no informativos, iguales o alguna otra conclusión similar. Eso puede ser útil o no. Depende del estudio o experimento.

 

SI desea forzar el jitter, entonces tendría que hacer lo siguiente:

1. Haga clic en el botón Ver datos, luego seleccione las columnas Imprimir
2. Vaya al menú Columnas y elija Atributos estandarizados.
3. Cambie el tipo de datos de numérico a carácter.
4. El gráfico 3D cambiará automáticamente y la opción Jitter aparecerá en el Triángulo rojo y se seleccionará automáticamente

 

Aunque no es elegante, funciona.

Re: 3D PCA: ¿puede agregar fluctuaciones a los puntos? Múltiples puntos en una ubicación solo se muestran como un punto y quiero ver todos los puntos.

¡Adjunto tablas de datos que espero sean útiles para responder esta pregunta! Gracias por su consideración.

Utilizo JMP Genomics y la función de Correlación y Análisis de componentes de varianza principal. A continuación se muestran las configuraciones que cambié para cada pestaña; si no se mencionan, usé las configuraciones predeterminadas.

 

Pestaña General:

• Conjunto de datos SAS de entrada = "Datos de grupos de PCA 1". Se adjunta archivo.

Pestaña Diseño Experimental:

• Conjunto de datos SAS de diseño experimental = "Archivo exp 1 de grupos PCA". Se adjunta archivo.
• Variables de color = Grupo
• Variables Factoriales Experimentales = Grupo
• Etiqueta Variable = Grupo

Pestaña PCA:

• Filas centrales
• correlación de Pearson

 

 

@statman , ¡Gracias por tus sugerencias!

1) Cuando hago clic derecho en el área del gráfico, no veo "puntos" como una opción ni ninguna opción que involucre nerviosismo. Veo lo siguiente: Restablecer, configuración..., Ocultar borde de luces, color de pared, color de fondo, filas, usar aceleración de hardware, mostrar ArcBall. Al hacer clic en Configuración, se permiten opciones para cambiar el tamaño y el color de los puntos, pero no para alterarlos. ¿Hay otra forma de acceder al menú del que hablas?

2) Incluyo una tabla de diseño experimental que define cada grupo, según lo requiere el proceso de JMP Genomics, y produce el resultado del que incluí una imagen. Desafortunadamente, no ayuda con el problema del nerviosismo.

 

Gracias a todos por su consideración.

 

Re: 3D PCA: ¿puede agregar fluctuaciones a los puntos? Múltiples puntos en una ubicación solo se muestran como un punto y quiero ver todos los puntos.

Sería mucho más fácil si adjuntara la tabla de datos de JMP, pero comprenda que es posible que no se le permita hacerlo. Entonces sus son mis pensamientos (que no puedo probar):

1. A menudo, al hacer clic con el botón derecho en el gráfico, aparecerán opciones (muchas). Creo que si elige Puntos, tiene la opción de alterarlos.

2. Cree una columna (podría usar Recode) que designe la agrupación que defina y use esta columna al trazar los datos.