3D PCA -- 포인트에 지터를 추가할 수 있습니까? 한 위치에 있는 여러 지점이 하나의 지점으로만 표시되며 모든 지점을 보고 싶습니다.안녕하세요 커뮤니티,
JMP Genomics 10을 사용하여 3D PCA(사본수 -> 상관관계 및 주분산 성분 분석)를 만들고 있습니다. 여러 지점이 같은 지점에 위치하여 하나의 지점으로 나타납니다. 그러나 동일한 그룹의 샘플이 어떻게 함께 클러스터되는지 보여주려고 하기 때문에 거기에 여러 지점이 있다는 것이 어떻게든 분명해졌으면 합니다. 마우스를 가져가면 레이블이 표시되는 경우 한 지점이 여러 지점을 나타내는지 알 수 있습니다(아래 이미지 참조, 이미지 품질이 좋지 않은 점에 대해 사과드립니다). 참고: 각 포인트가 속하는 그룹(그룹 1-4)에 따라 레이블을 지정합니다.
조언이 있으시면 대단히 감사하겠습니다! 시간 내주셔서 미리 감사드립니다.
제도법Re: 3D PCA -- 포인트에 지터를 추가할 수 있습니까? 한 위치에 있는 여러 지점이 하나의 지점으로만 표시되며 모든 지점을 보고 싶습니다.@Chris_Kirchberg 응답해 주셔서 감사합니다! 작동합니다!
좋은 하루 되세요.
Re: 3D PCA -- 포인트에 지터를 추가할 수 있습니까? 한 위치에 있는 여러 지점이 하나의 지점으로만 표시되며 모든 지점을 보고 싶습니다.Scatterplot 3D라는 단어 옆에 있는 빨간색 삼각형 아래에 지터 옵션이 있지만 데이터 유형이 문자일 때만 표시되고 예에서 PC와 같은 숫자는 표시되지 않습니다.
기본적으로 처음 3대의 PC에 대해 동일한 값을 갖는 샘플이 있습니다. Prin3과 같은 PC 중 하나를 다른 PC(Prin4와 같은 경우)로 전환할 수 있으며 모든 PC에 대해 동일한 값을 가지지 않는 한 PC를 분리하는 데 도움이 됩니다. 이는 수집된 데이터가 PVCA에 사용되는 한 동일한 샘플임을 의미합니다. 그 자체로 그것들이 중복되거나, 동일하거나, 정보가 없거나, 동일하거나, 또는 다른 유사한 결론임을 나타냅니다. 도움이 될 수도 있고 아닐 수도 있습니다. 연구 또는 실험에 따라 다릅니다.
지터를 강제로 적용하려면 다음을 수행해야 합니다.
- 데이터 보기 버튼을 클릭한 다음 Prin 열을 선택합니다.
- Cols 메뉴로 이동하여 Standardized Attributes를 선택합니다.
- 데이터 유형을 숫자에서 문자로 변경합니다.
- 3D 플롯이 자동으로 변경되고 Jitter 옵션이 빨간색 삼각형에 나타나고 자동으로 선택됩니다.
우아하지는 않지만 작동합니다.
Re: 3D PCA -- 포인트에 지터를 추가할 수 있습니까? 한 위치에 있는 여러 지점이 하나의 지점으로만 표시되며 모든 지점을 보고 싶습니다.이 질문에 답하는 데 도움이 되는 데이터 표를 첨부했습니다! 당신의 배려에 감사합니다.
저는 JMP Genomics와 상관 및 주요 분산 성분 분석 기능을 사용합니다. 아래는 각 탭에 대해 변경한 설정입니다. 언급되지 않은 경우 기본 설정을 사용했습니다.
일반 탭:
- 입력 SAS 데이터 세트 = "PCA 그룹 데이터 1". 파일이 첨부되어 있습니다.
실험 설계 탭:
- 실험적 설계 SAS 데이터 세트 = "PCA Groups Exp file 1". 파일이 첨부되어 있습니다.
- 색상 변수 =그룹
- 실험적 요인 변수 = 그룹
- 레이블 변수 = 그룹
PCA 탭:
@statman , 귀하의 제안에 감사드립니다!
1) 그래프 영역을 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하면 옵션 또는 지터링과 관련된 옵션으로 "포인트"가 표시되지 않습니다. 다음이 표시됩니다. 재설정, 설정..., 조명 테두리, 벽 색상, 배경 색상, 행 숨기기, 하드웨어 가속 사용, ArcBall 표시. 설정을 클릭하면 포인트의 크기와 색상을 변경할 수 있지만 지터링하지 않는 옵션이 있습니다. 말씀하신 메뉴에 액세스하는 다른 방법이 있습니까?
2) JMP Genomics 프로세스에서 요구하는 대로 각 그룹을 정의하는 실험 설계 테이블을 포함하고 이미지를 포함한 결과를 산출합니다. 따라서 불행히도 지터링 문제에는 도움이 되지 않습니다.
고려해 주셔서 감사합니다.
Re: 3D PCA -- 포인트에 지터를 추가할 수 있습니까? 한 위치에 있는 여러 지점이 하나의 지점으로만 표시되며 모든 지점을 보고 싶습니다.JMP 데이터 테이블을 첨부하면 훨씬 쉬울 텐데 그렇게 하는 것이 허용되지 않을 수도 있다는 점을 이해하십시오. 그래서 그녀는 내 생각입니다 (시도할 수 없습니다).
1. 종종 그래프를 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하면 다양한 옵션이 나타납니다. 포인트를 선택하면 포인트를 지터할 수 있는 옵션이 있다고 생각합니다.
2. 정의한 그룹화를 지정하는 열(Recode 사용 가능)을 생성하고 데이터를 그릴 때 이 열을 사용합니다.
