3D PCA -- ポイントにジッターを追加できますか? 1 つの場所にある複数のポイントが 1 つのポイントとしてしか表示されず、すべてのポイントを表示したい。こんにちはコミュニティ、
JMP Genomics 10 を使用して 3D PCA (コピー数 -> 相関および主分散成分分析) を作成しています。 複数の点が同じ場所にあり、1 つの点として表示されます。 ただし、同じグループのサンプルがどのように集まっているかを示そうとしているので、そこに複数のポイントがあることを何らかの形で明らかにしたいと思います. カーソルを合わせてラベルが表示された場合、1 つのポイントが複数のポイントを表していることしかわかりません (下の画像を参照してください。画質が悪いことをお詫びします)。 注: どのグループ (グループ 1 ～ 4) に分類されるかに従って、各ポイントにラベルを付けています。
何かアドバイスがあれば、よろしくお願いします！ よろしくお願いいたします。
グラフィックRe: 3D PCA -- ポイントにジッターを追加できますか? 1 つの場所にある複数のポイントが 1 つのポイントとしてしか表示されず、すべてのポイントを表示したい。@Chris_Kirchbergお返事をありがとうございます！ それはうまくいきます！
すてきな一日を。
Re: 3D PCA -- ポイントにジッターを追加できますか? 1 つの場所にある複数のポイントが 1 つのポイントとしてしか表示されず、すべてのポイントを表示したい。Scatterplot 3D という単語の横にある赤い三角形の下に Jitter オプションがありますが、データ型が文字の場合にのみ表示され、例の PC のような数値ではありません。
基本的に、最初の 3 つの PC で同じ値を持つサンプルがあります。 PC の 1 つ (Prin3 など) を別の PC (存在する場合は Prin4 など) に切り替えることができ、すべての PC ですべて同じ値でない限り、それらを分離するのに役立ちます。 これは、収集されたデータが PVCA に使用されている限り、それらが同一のサンプルであることを意味します。 それ自体は、それらが冗長であるか、同一であるか、有益ではないか、同じであるか、または他の同様の結論であると述べています。 それはおそらく役立つかどうかです。 研究や実験によって異なります。
ジッターを強制したい場合は、次の手順を実行する必要があります。
- [データの表示] ボタンをクリックし、Prin 列を選択します。
- Cols メニューに移動し、Standardized Attributes を選択します。
- データ型を数値から文字に変更します。
- 3D プロットが自動的に変更され、ジッター オプションが赤い三角形に表示され、自動的に選択されます。
エレガントではありませんが、機能します。
Re: 3D PCA -- ポイントにジッターを追加できますか? 1 つの場所にある複数のポイントが 1 つのポイントとしてしか表示されず、すべてのポイントを表示したい。この質問への回答に役立つデータ テーブルを添付しました。 ご検討をお願いいたします。
私は JMP Genomics と相関および主分散成分分析機能を使用しています。 以下は、各タブで変更した設定です。記載がない場合は、デフォルト設定を使用しました。
一般タブ:
- 入力 SAS データ セット = "PCA グループ データ 1"。 ファイルが添付されています。
実験計画タブ:
- 実験計画 SAS データ セット = "PCA グループ Exp ファイル 1"。 ファイルが添付されています。
- 色の変数 = グループ
- 実験因子変数 = グループ
- ラベル変数 = グループ
PCA タブ:
@スタットマン、あなたの提案をありがとう！
1) グラフ領域を右クリックすると、「ポイント」がオプションとして表示されず、ジッターを伴うオプションも表示されません。 次のように表示されます: リセット、設定...、 ライトの境界線を非表示、壁の色、背景色、行、ハードウェア アクセラレーションを使用、アークボールを表示。 [設定] をクリックすると、ポイントのサイズと色を変更するオプションが表示されますが、ポイントを揺らすことはできません。 あなたが話しているメニューにアクセスする別の方法はありますか?
2) JMP Genomics プロセスで要求されるように、各グループを定義する実験計画表を含めます。これにより、画像を含めた結果が得られます。 残念ながら、ジッターの問題には役立ちません。
ご検討いただきありがとうございます。
Re: 3D PCA -- ポイントにジッターを追加できますか? 1 つの場所にある複数のポイントが 1 つのポイントとしてしか表示されず、すべてのポイントを表示したい。JMP データ テーブルを添付していただけると、はるかに簡単になりますが、これを行うことが許可されていない可能性があることを理解してください。 だから彼女は私の考えです（私は試すことができません）：
1. 多くの場合、グラフを右クリックするとオプション (多数) が表示されます。 Points を選択した場合は、それらを Jitter するオプションがあると思います。
2. 定義したグループを指定する列を作成し (Recode を使用できます)、データをプロットするときにこの列を使用します。
