3D PCA -- Puoi aggiungere jitter ai punti? Più punti in una posizione vengono visualizzati solo come un punto e voglio vedere tutti i punti.Ciao Comunità,
Sto usando JMP Genomics 10 per creare un PCA 3D (Copy Number -> Correlation and Principal Variance Component Analysis). Diversi punti si trovano nello stesso punto e vengono visualizzati come un unico punto. Tuttavia, vorrei che fosse in qualche modo evidente che ci sono più punti lì, poiché sto cercando di mostrare come i campioni nello stesso gruppo si raggruppano insieme. Posso solo dire che un punto rappresenta più punti se passo il mouse e vengono visualizzate le etichette (vedi l'immagine sotto; ci scusiamo per la scarsa qualità dell'immagine). Nota: sto etichettando ogni punto in base al gruppo in cui rientrano (Gruppo 1-4).
Se hai qualche consiglio te ne sarei molto grato! Grazie in anticipo per il vostro tempo.
GraficaRe: 3D PCA -- Puoi aggiungere jitter ai punti? Più punti in una posizione vengono visualizzati solo come un punto e voglio vedere tutti i punti.@Chris_Kirchberg Grazie per la risposta! Che funzioni!
Vi auguro una buona giornata.
Re: 3D PCA -- Puoi aggiungere jitter ai punti? Più punti in una posizione vengono visualizzati solo come un punto e voglio vedere tutti i punti.C'è un'opzione Jitter sotto il triangolo rosso accanto alle parole Scatterplot 3D, ma appare solo quando il tipo di dati è carattere, non numerico come i PC nel tuo esempio.
Fondamentalmente hai campioni che hanno gli stessi valori per i primi 3 PC. Potresti sostituire uno dei PC (come Prin3) con un PC diverso (come Prin4 se esiste) e ciò aiuterebbe a separarli, a meno che non abbiano tutti gli stessi valori per tutti i PC. Ciò significherebbe che sono campioni identici per quanto riguarda i dati raccolti utilizzati per PVCA. Questo di per sé dice che sono ridondanti, identici, non informativi, uguali o qualche altra conclusione simile. Che forse utile o no. Dipende dallo studio o dall'esperimento.
SE vuoi forzare il jitter, dovresti quindi fare quanto segue:
- Fare clic sul pulsante Visualizza dati, quindi selezionare le colonne Prin
- Vai al menu Cols e scegli Attributi standardizzati.
- Cambia il tipo di dati da numerico a carattere.
- La trama 3D cambierà automaticamente e l'opzione Jitter apparirà nel triangolo rosso e sarà automaticamente selezionata
Anche se non elegante, funziona.
Re: 3D PCA -- Puoi aggiungere jitter ai punti? Più punti in una posizione vengono visualizzati solo come un punto e voglio vedere tutti i punti.Ho allegato tabelle di dati che si spera siano utili per rispondere a questa domanda! Grazie per la vostra considerazione.
Utilizzo JMP Genomics e la funzione Correlation and Principal Variance Component Analysis. Di seguito sono riportate le impostazioni che ho modificato per ciascuna scheda: se non menzionate, ho utilizzato le impostazioni predefinite.
Scheda Generale:
- Immettere il set di dati SAS = "Dati gruppi PCA 1". Il file è allegato.
Scheda Progettazione sperimentale:
- Set di dati SAS di progettazione sperimentale = "PCA Groups Exp file 1". Il file è allegato.
- Variabili di colore = Gruppo
- Variabili Fattori Sperimentali = Gruppo
- Etichetta variabile = Gruppo
Scheda PCA:
- Righe centrali
- Correlazione di Pearson
@statman , Grazie per i vostri suggerimenti!
1) Quando faccio clic con il pulsante destro del mouse sull'area del grafico, non vedo "punti" come opzione o qualsiasi opzione che comportasse il jitter. Vedo quanto segue: Reset, impostazioni..., Nascondi bordo luci, colore parete, colore sfondo, righe, usa accelerazione hardware, mostra ArcBall. Facendo clic su Impostazioni sono disponibili opzioni per modificare la dimensione e il colore dei punti ma non per modificarli. C'è un altro modo per accedere al menu di cui parli?
2) Includo una tabella di progettazione sperimentale che definisce ogni gruppo, come richiesto dal processo di JMP Genomics, e produce il risultato di cui ho incluso un'immagine. Quindi non aiuta con il problema del jittering, sfortunatamente.
Grazie a tutti per la vostra considerazione.
Re: 3D PCA -- Puoi aggiungere jitter ai punti? Più punti in una posizione vengono visualizzati solo come un punto e voglio vedere tutti i punti.Sarebbe molto più semplice se allegassi la tabella dei dati JMP, ma tieni presente che potresti non essere autorizzato a farlo. Quindi lei sono i miei pensieri (che non posso provare):
1. Spesso, facendo clic con il pulsante destro del mouse sul grafico vengono visualizzate le opzioni (molte). Penso che se scegli Punti, hai la possibilità di Jitterli.
2. Crea una colonna (puoi usare Ricodifica) che designa il raggruppamento che definisci e usa questa colonna quando disegni i dati.
