PCA 3D – Pouvez-vous ajouter de la gigue aux points ? Plusieurs points au même endroit n’apparaissent que comme un seul point et je souhaite voir tous les points.Bonjour la communauté,
J'utilise JMP Genomics 10 pour créer une PCA 3D (numéro de copie -> analyse des composantes de corrélation et de variance principale). Plusieurs points sont situés au même endroit et apparaissent comme un seul point. Cependant, j'aimerais qu'il soit évident qu'il y a plusieurs points ici, alors que j'essaie de montrer comment les échantillons d'un même groupe se regroupent. Je ne peux dire qu'un point représente plusieurs points que si je survole et que les étiquettes apparaissent (voir l'image ci-dessous ; excuses pour la mauvaise qualité de l'image). Remarque : j'étiquete chaque point en fonction du groupe auquel il appartient (groupe 1-4).
Si vous avez des conseils, je l'apprécierais grandement ! Merci d'avance pour votre temps.
Modélisation statistique avancéeÉtudes de consommation et de marchéPersonnalisation de masseRe : PCA 3D – Pouvez-vous ajouter de la gigue aux points ? Plusieurs points au même endroit n’apparaissent que comme un seul point et je souhaite voir tous les points.@Chris_Kirchberg Merci pour votre réponse! Ça marche!
Passe une bonne journée.
Re : PCA 3D – Pouvez-vous ajouter de la gigue aux points ? Plusieurs points au même endroit n’apparaissent que comme un seul point et je souhaite voir tous les points.Il existe une option Jitter sous le triangle rouge à côté des mots Scatterplot 3D, mais elle n'apparaît que lorsque le type de données est un caractère et non un numérique comme les PC dans votre exemple.
En gros vous avez des échantillons qui ont les mêmes valeurs pour les 3 premiers PC. Vous pouvez remplacer l'un des PC (comme Prin3) par un autre PC (comme Prin4 s'il existe) et cela aiderait à les séparer, à moins qu'ils n'aient tous les mêmes valeurs pour tous les PC. Cela signifierait qu'il s'agit d'échantillons identiques en ce qui concerne les données collectées utilisées pour le PVCA. Cela en soi indique soit qu'ils sont redondants, identiques, non informatifs, identiques ou une autre conclusion similaire. Cela peut être utile ou non. Cela dépend de l'étude ou de l'expérience.
SI vous souhaitez forcer le jitter, vous devrez alors procéder comme suit :
- Cliquez sur le bouton Afficher les données, puis sélectionnez les colonnes Prin
- Accédez au menu Cols et choisissez Attributs standardisés.
- Modifiez le type de données de Numérique à Caractère.
- Le tracé 3D changera automatiquement et l'option Jitter apparaîtra dans le triangle rouge et sera automatiquement sélectionnée
Bien que ce ne soit pas élégant, cela fonctionne.
Re : PCA 3D – Pouvez-vous ajouter de la gigue aux points ? Plusieurs points au même endroit n’apparaissent que comme un seul point et je souhaite voir tous les points.J'ai joint des tableaux de données qui, je l'espère, seront utiles pour répondre à cette question ! Merci pour votre considération.
J'utilise JMP Genomics et la fonction Analyse des composantes de corrélation et de variance principale. Vous trouverez ci-dessous les paramètres que j'ai modifiés pour chaque onglet. S'ils ne sont pas mentionnés, j'ai utilisé les paramètres par défaut.
Onglet Général :
- Ensemble de données SAS d'entrée = "Données des groupes PCA 1". Le fichier est joint.
Onglet Conception expérimentale :
- Ensemble de données SAS de conception expérimentale = "Fichier Exp des groupes PCA 1". Le fichier est joint.
- Variables de couleur = Groupe
- Variables du facteur expérimental = Groupe
- Variable d'étiquette = Groupe
Onglet PCA :
- Rangées centrales
- Corrélation de Pearson
@statman , Merci pour vos suggestions!
1) Lorsque je clique avec le bouton droit sur la zone graphique, je ne vois pas de « points » comme option ou toute option impliquant du jitter. Je vois ce qui suit : Réinitialisation, paramètres..., Masquer la bordure des lumières, la couleur du mur, la couleur d'arrière-plan, les lignes, utiliser l'accélération matérielle, afficher ArcBall. Cliquer sur Paramètres permet de modifier la taille et la couleur des points, mais pas de les instabler. Existe-t-il un autre moyen d'accéder au menu dont vous parlez ?
2) J'inclus un tableau de conception expérimentale qui définit chaque groupe, comme l'exige le processus JMP Genomics, et il donne le résultat dont j'ai inclus une image. Malheureusement, cela n’aide pas à résoudre le problème de gigue.
Merci à tous pour votre considération.
Re : PCA 3D – Pouvez-vous ajouter de la gigue aux points ? Plusieurs points au même endroit n’apparaissent que comme un seul point et je souhaite voir tous les points.Ce serait beaucoup plus simple si vous joigniez le tableau de données JMP, mais comprenez que vous n'êtes peut-être pas autorisé à le faire. Voici donc mes réflexions (que je ne peux pas essayer) :
1. Souvent, un clic droit sur le graphique fera apparaître des options (nombreuses). Je pense que si vous choisissez des points, vous avez la possibilité de les jitter.
2. Créez une colonne (vous pouvez utiliser Recode) qui désigne le regroupement que vous définissez et utilisez cette colonne lors du traçage des données.
