3D-PCA – Kann man Punkten Jitter hinzufügen? Mehrere Punkte an einem Ort werden nur als ein Punkt angezeigt, und ich möchte alle Punkte sehen.Hallo Community,
Ich verwende JMP Genomics 10, um eine 3D-PCA (Kopienzahl -> Korrelations- und Hauptvarianzkomponentenanalyse) zu erstellen. Mehrere Punkte befinden sich an derselben Stelle und werden als ein Punkt angezeigt. Ich möchte jedoch, dass es irgendwie deutlich wird, dass es mehrere Punkte gibt, da ich versuche zu zeigen, wie sich Stichproben in derselben Gruppe zusammenballen. Ich kann nur erkennen, dass ein Punkt mehrere Punkte darstellt, wenn ich mit der Maus darüber fahre und die Beschriftungen angezeigt werden (siehe Bild unten; Entschuldigung für die schlechte Bildqualität). Hinweis: Ich beschrifte jeden Punkt entsprechend der Gruppe, zu der er gehört (Gruppe 1–4).
Wenn Sie einen Rat haben, wäre ich Ihnen sehr dankbar! Vielen Dank im Voraus für Ihre Zeit.
Erweiterte statistische ModellierungVerbraucher- und MarktforschungMassenanpassungBetreff: 3D-PCA – Kann man Punkten Jitter hinzufügen? Mehrere Punkte an einem Ort werden nur als ein Punkt angezeigt, und ich möchte alle Punkte sehen.@Chris_Kirchberg Vielen Dank für Ihre Antwort! Das funktioniert!
Ich wünsche ihnen einen wunderbaren Tag.
Betreff: 3D-PCA – Kann man Punkten Jitter hinzufügen? Mehrere Punkte an einem Ort werden nur als ein Punkt angezeigt, und ich möchte alle Punkte sehen.Unter dem roten Dreieck neben den Worten Scatterplot 3D gibt es eine Jitter-Option, die jedoch nur angezeigt wird, wenn der Datentyp Zeichen und nicht numerisch ist, wie bei PCs in Ihrem Beispiel.
Grundsätzlich haben Sie Proben, die für die ersten drei PCs die gleichen Werte haben. Sie könnten einen der PCs (wie Prin3) gegen einen anderen PC (wie Prin4, falls vorhanden) austauschen, und das würde helfen, sie zu trennen, es sei denn, sie haben alle die gleichen Werte für alle PCs. Das würde bedeuten, dass es sich hinsichtlich der gesammelten Daten, die für die PVCA verwendet werden, um identische Proben handelt. Das allein besagt, dass sie entweder redundant, identisch, nicht informativ, gleich oder eine andere ähnliche Schlussfolgerung sind. Das kann hilfreich sein oder auch nicht. Hängt von der Studie oder dem Experiment ab.
Wenn Sie Jitter erzwingen möchten, müssen Sie Folgendes tun:
- Klicken Sie auf die Schaltfläche „Daten anzeigen“ und wählen Sie dann die Prin-Spalten aus
- Gehen Sie zum Menü „Spalten“ und wählen Sie „Standardisierte Attribute“.
- Ändern Sie den Datentyp von „Numerisch“ in „Zeichen“.
- Der 3D-Plot ändert sich automatisch und die Option „Jitter“ wird im roten Dreieck angezeigt und automatisch ausgewählt
Obwohl es nicht elegant ist, funktioniert es.
Betreff: 3D-PCA – Kann man Punkten Jitter hinzufügen? Mehrere Punkte an einem Ort werden nur als ein Punkt angezeigt, und ich möchte alle Punkte sehen.Ich habe Datentabellen angehängt, die hoffentlich bei der Beantwortung dieser Frage hilfreich sind! Danke für deine Rücksicht.
Ich verwende JMP Genomics und die Funktion Korrelations- und Hauptvarianzkomponentenanalyse. Nachfolgend sind die Einstellungen aufgeführt, die ich für jede Registerkarte geändert habe. Wenn nicht erwähnt, habe ich die Standardeinstellungen verwendet.
Registerkarte „Allgemein“:
- Eingabe-SAS-Datensatz = „PCA Groups Data 1“. Datei ist angehängt.
Registerkarte „Experimentelles Design“:
- SAS-Datensatz für experimentelles Design = „PCA Groups Exp-Datei 1“. Datei ist angehängt.
- Farbvariablen =Gruppe
- Experimentelle Faktorvariablen = Gruppe
- Beschriftungsvariable = Gruppe
PCA-Registerkarte:
- Mittelreihen
- Pearson Korrelation
@statman , vielen Dank für deine Vorschläge!
1) Wenn ich mit der rechten Maustaste auf den Diagrammbereich klicke, sehe ich weder „Punkte“ als Option noch eine Option, die zu Zittern führte. Ich sehe Folgendes: Zurücksetzen, Einstellungen..., Lichtrahmen ausblenden, Wandfarbe, Hintergrundfarbe, Zeilen, Hardwarebeschleunigung verwenden, ArcBall anzeigen. Wenn Sie auf „Einstellungen“ klicken, haben Sie die Möglichkeit, die Größe und Farbe der Punkte zu ändern, sie jedoch nicht zu verwackeln. Gibt es eine andere Möglichkeit, auf das Menü zuzugreifen, über das Sie sprechen?
2) Ich füge eine experimentelle Designtabelle hinzu, die jede Gruppe definiert, wie vom JMP Genomics-Prozess gefordert, und sie liefert das Ergebnis, von dem ich ein Bild eingefügt habe. Es hilft also leider nicht gegen das Jitter-Problem.
Vielen Dank für Ihre Rücksichtnahme.
Betreff: 3D-PCA – Kann man Punkten Jitter hinzufügen? Mehrere Punkte an einem Ort werden nur als ein Punkt angezeigt, und ich möchte alle Punkte sehen.Es wäre viel einfacher, wenn Sie die JMP-Datentabelle anhängen würden, aber verstehen Sie, dass Ihnen dies möglicherweise nicht gestattet ist. Das sind also meine Gedanken (die ich nicht ausprobieren kann):
1. Wenn Sie mit der rechten Maustaste auf das Diagramm klicken, werden häufig (viele) Optionen angezeigt. Ich denke, wenn Sie Punkte wählen, haben Sie die Möglichkeit, diese zu jittern.
2. Erstellen Sie eine Spalte (Sie können Recode verwenden), die die von Ihnen definierte Gruppierung angibt, und verwenden Sie diese Spalte beim Zeichnen der Daten.
