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Análisis de pares emparejados: tabular las estadísticas t; múltiples respuestas Y

Hola comunidad JMP,

 

Para el contexto y en caso de que esto ayude con la indexación de Google, este es un caso de uso de un experimento proteómico, y las "mediciones" individuales en el archivo de ejemplo adjunto representan la medición de péptidos individuales.   

 

El análisis de pares emparejados ya me da la respuesta que necesito ( Análisis de pares coincidentes (jmp.com))

• Agrupar por "GroupBy"
• Emparejar dos condiciones a la vez (por ejemplo, Drug00 vs. Drug01, Drug00 vs. Drug02, Drug00 vs. Drug03)

 

Sin embargo, dado que realmente solo necesito el valor p de la prueba t de dos colas, actualmente tengo que:

• Atravesar Analizar >> Modelado especializado >> Pares emparejados
• Seleccione dos columnas Y a la vez (por ejemplo, Drug00 y Drug01)
• por la columna Agrupar por
• Espere la salida con gráficos y todas las estadísticas t
• Hacer Tabla de datos combinados
• Ordenar por columna 4
• Desplácese hacia abajo hasta " Problema > |t| "
• Seleccione todas las filas con "Prob > |t|" en la columna 4
• Invertir selección, luego eliminar filas seleccionadas

Pregunta 1:

¿Hay alguna manera de pasar por JSL o de otra manera, para simplemente tabular todos los resultados estadísticos (por ejemplo, diferencia de medias, error estándar, 95% superior/inferior, Prob > |t|), o mejor aún, simplemente Problema > |t| ?No sé cómo empezar, ya que, a diferencia del Graph Builder, no sé cómo "Guardar script".

 

Pregunta 2:

Resolver la "Pregunta 1" ya sería de gran ayuda para mí, pero ¿hay alguna manera de realizar múltiples análisis de pares coincidentes (es decir, Droga00 frente a Droga01 , Droga00 versus Droga02 , Droga00 versus Droga03 )?

Analizar >> Detección >> Respuesta La detección parece ser lo que estoy buscando.Inicie la plataforma de evaluación de respuestas (jmp.com)

• Droga01 , Droga02 , y Droga03 como Y, respuesta
• Droga00 como X
• Agrupamiento por Agrupar por
• Comprobado: Tabla de valores P en el lanzamiento y X e Y emparejados

Sin embargo, no me queda claro cuál es el ValorP La columna en la salida representa.

además, el ValorP del flujo de trabajo de Evaluación de respuestas no corresponde y parece ser más pequeño que cualquiera de los valores p de una o dos colas que obtengo a través del Análisis de pares emparejados flujo de trabajo; el Problema > |t| valores de la Análisis de pares emparejados El flujo de trabajo parece más razonable.

 

Gracias por su consejo.

Combinación y limpieza de datosventanasRe: Análisis de pares emparejados: tabular las estadísticas t; múltiples respuestas Y

Gracias por el detalle.Bien... para usar el modelo mixto como lo he descrito, primero debes apilar los datos. Al final habrá cuatro columnas: GroupBy (carácter, nominal), Medición (carácter, nominal), Fármaco (carácter, nominal) y la medición del péptido (numérica, continua). Usando la plataforma Fit Model, Y es su medición de péptidos, luego coloque Fármaco y Medición como Efectos del modelo. Coloque GroupBy como su variable "Por".Luego, utilizando el triángulo desplegable "Atributos", establezca Medición como "Efecto aleatorio" (y deje marcado "Componentes de varianza ilimitada", con "Énfasis" establecido en "Detección de efectos"). Este es un modelo mixto; se llama mixto porque contiene efectos fijos (medicamento) y efectos aleatorios (Medición).Es "simplemente" un modelo ANOVA de dos vías... mezclado modelo ANOVA de dos vías.

FWIW, aquí hay algunos detalles: https://www.lexjansen.com/pharmasug/2004/Posters/PO05.pdf

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Re: Análisis de pares emparejados: tabular las estadísticas t; múltiples respuestas Y

Gracias por la sugerencia, @MRB3855 .

Confieso que no estoy familiarizado con el modelo mixto o Fit Model.

1) Sí, podemos asumir homocedasticidad, si quiere decir que esperamos la misma variabilidad independientemente de la magnitud de los valores en las columnas Drug00/Drug01/Drug02/Drug03 (por ejemplo, no es necesario realizar una transformación logarítmica)

2) He cambiado el atributo de "Medición" a numérico, continuo, pero no entiendo los resultados (adjunto).

• Quizás no lo tuve claro: al realizar el Modelado especializado >> Pares emparejados , completamos el " Por "cuadro con la columna" Agrupar por " ( no "Agrupación X ").

 

En una nota relacionada, ¿podría orientarme sobre cuál de los tipos de modelo corresponde al análisis de "pares coincidentes", si es a eso a lo que se refiere?Gracias.

Descripción general de la plataforma Fit Model (jmp.com)

Re: Análisis de pares emparejados: tabular las estadísticas t; múltiples respuestas Y

Si entiendo correctamente su pregunta, el análisis más completo es un modelo mixto. Tendrá tres columnas en su conjunto de datos. GroupBy (carácter, nominal), Fármaco (carácter, nominal) y la medición de péptidos (numérica, continua).Usando la plataforma Fit Model, Y es su medida de péptido, luego coloque Drug y GroupBy como efectos del modelo.Luego, usando el triángulo desplegable "Atributos", configure GroupBy como "Efecto aleatorio" (y deje marcado "Componentes de varianza ilimitada", con "Énfasis" establecido en "Detección de efectos").Con los supuestos habituales de homocedasticidad, etc., esta es una versión generalizada del Análisis de pares emparejados que se extiende a dos o más grupos (drogas en su caso). De hecho, puedes comprobarlo aplicando este modelo mixto con sólo dos de los fármacos. Los resultados serán idénticos a los resultados de pares coincidentes para esos dos medicamentos. Los beneficios de utilizar este modelo mixto son muchos. Entre ellos se encuentran: Más potencia para cada comparación y toda la capacidad de la plataforma del modelo de ajuste está a su disposición (múltiples comparaciones, componentes de varianza, etc.).

 

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Re: Análisis de pares emparejados: tabular las estadísticas t; múltiples respuestas Y

La línea ProteinA es un error.Simplemente elimine toda la línea.

Re: Análisis de pares emparejados: tabular las estadísticas t; múltiples respuestas Y

Probé su secuencia de comandos en 133.000 filas y 10 condiciones, y resolví ambas preguntas.

 

tuve que editar Proteína A , y tomará tiempo aprender qué hace realmente más adelante.

SendToByGroup( {:GroupBy == "ProteinA"} ),

 

Gracias, @txnelson !

Re: Análisis de pares emparejados: tabular las estadísticas t; múltiples respuestas Y

A ver si esto te ayuda

Names Default To Here( 1 );
dt = Current Data Table();

colNames = dt << get column names( continuous );

// Start final data table
dtFinal = New Table( "Final", New Column( "Comparison", character ) );

For( i = 2, i <= N Items( colNames ), i++,
 platform = Data Table( "Matched_Pair_by_Group" ) <<
 Matched Pairs(
  invisible,
  SendToByGroup( {:GroupBy == "ProteinA"} ),
  Y( colNames[1], colNames[i] ),
  By( :GroupBy )
 );
 Wait( 0 );

    // Make combined data table
 dtCombined = Report( platform[1] )[Table Box( 1 )] << Make Combined Data Table;
 
    // Close report window
 Report( platform[1] ) << Close Window;

    // Keep only the Prob > |t| rows
 dtCombined << select where( :column 4 != "Prob > |t|" );
 dtCombined << delete rows;
 
 // Add the comparison column
 dtCombined << New Column( "Comparison",
  character,
  set each value( colNames[1] || " vs. " || colNames[i] )
 );

    // Add the data table to the Final data table
 dtFinal << concatenate( dtCombined, Append to first table( 1 ) );

    // Delete the Combined table
 Close( dtCombined, nosave );
);